gmx-helix - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-helix - Kalkulahin ang mga pangunahing katangian ng mga alpha helice

SINOPSIS

gmx helix [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-cz [<.gro/.g96/...>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[hindi]w] [-0 ] [-[hindi]q] [-[hindi]F]
[-[no]db] [-[no] ev] [-ahxstart ] [-ahxend ]

DESCRIPTION

gmx Helix kinakalkula ang lahat ng uri ng katangian ng helix. Una, sinusuri ang peptide upang mahanap
ang pinakamahabang helical na bahagi, gaya ng tinutukoy ng mga hydrogen bond at mga anggulo ng phi/psi. Ang kaunting iyon ay
nilagyan ng perpektong helix sa paligid ng z-axis at nakasentro sa pinanggalingan. Pagkatapos ay ang
ang mga sumusunod na katangian ay nakalkula:

· Helix radius (file radius.xvg). Ito ay lamang ang paglihis ng RMS sa dalawang dimensyon
para sa lahat ng mga atomo ng Calpha. ito ay kinakalkula bilang sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N) kung saan ang N ay
ang bilang ng mga atomo ng gulugod. Para sa isang perpektong helix ang radius ay 0.23 nm.

· I-twist (file twist.xvg). Ang average na helical angle sa bawat residue ay kinakalkula. Para sa
alpha-helix ito ay 100 degrees, para sa 3-10 helices ito ay magiging mas maliit, at para sa 5-helices
ito ay magiging mas malaki.

· Tumaas bawat nalalabi (file tumaas.xvg). Ang helical na pagtaas sa bawat nalalabi ay naka-plot bilang ang
pagkakaiba sa z-coordinate sa pagitan ng mga atomo ng Calpha. Para sa isang perpektong helix, ito ay 0.15 nm.

· Kabuuang haba ng helix (file len-ahx.xvg). Ang kabuuang haba ng helix sa nm. Ito ay
ang average na pagtaas lamang (tingnan sa itaas) na beses ang bilang ng helical residues (tingnan sa ibaba).

· Helix dipole, backbone lamang (file dip-ahx.xvg).

· Paglihis ng RMS mula sa perpektong helix, na kinakalkula para sa mga atomo ng Calpha lamang (file
rms-ahx.xvg).

· Average na Calpha - Calpha dihedral na anggulo (file phi-ahx.xvg).

· Average na mga anggulo ng phi at psi (file phipsi.xvg).

· Ellipticity sa 222 nm ayon kay Hirst at Brooks.

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Portable xdr run input file

-n [<.ndx>] (index.ndx)
Index file

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectory: xtc trr cpt malaki g96 pdb tng

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-cz [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
Structure file: malaki g96 pdb brk ent esp

Iba pang mga opsyon:

-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-dt (0)
Gumamit lamang ng frame kapag t MOD dt = unang pagkakataon (ps)

-[hindi]w (hindi)
Tingnan ang output .xvg, .xpm, .eps at .pdb file

-0 (1)
Ang unang residue number sa sequence

-[hindi]q (hindi)
Suriin sa bawat hakbang kung aling bahagi ng sequence ang helical

-[hindi]F (oo)
I-toggle ang akma sa isang perpektong helix

-[no]db (hindi)
info Print debug

-[no] ev (hindi)
Sumulat ng bagong 'trajectory' na file para sa ED

-ahxstart (0)
Unang nalalabi sa helix

-ahxend (0)
Huling nalalabi sa helix

Gumamit ng gmx-helix online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net