gmx-pdb2gmx - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-pdb2gmx - I-convert ang mga coordinate na file sa topology at FF-compliant na mga coordinate na file

SINOPSIS

gmx pdb2gmx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-p [<.top>]]
[-i [<.itp>]] [-n [<.ndx>]] [-q [<.gro/.g96/...>]]
[-chainsep ] [-pagsanib ] [-ff ]
[-tubig ] [-[walang]inter] [-[no]ss] [-[no]ter]
[-[no]lys] [-[no] arg] [-[walang]asp] [-[walang]glu] [-[no]gln]
[-[no] kanya] [-ulo ] [-dist ] [-[no]una]
[-[no]ignh] [-[walang] nawawala] [-[no]v] [-posrefc ]
[-vsite ] [-[walang]mabigath] [-[walang] deuterate]
[-[walang] chargegrp] [-[no]cmap] [-[walang]renum] [-[no]rtpres]

DESCRIPTION

gmx pdb2gmx nagbabasa ng a .pdb (O .gro) file, nagbabasa ng ilang mga file ng database, nagdaragdag ng mga hydrogen sa
mga molekula at bumubuo ng mga coordinate sa GROMACS (GROMOS), o opsyonal .pdb, pormat at a
topology sa format na GROMACS. Ang mga file na ito ay maaaring pagkatapos ay maproseso upang makabuo ng isang run
input file.

gmx pdb2gmx maghahanap ng force fields sa pamamagitan ng paghahanap ng a forcefield.itp file sa
mga subdirectory .ff ng kasalukuyang gumaganang direktoryo at ng aklatan ng GROMACS
direktoryo bilang hinuha mula sa landas ng binary o ang GMXLIB variable ng kapaligiran. Sa pamamagitan ng
default ang pagpili ng forcefield ay interactive, ngunit maaari mong gamitin ang -ff opsyon upang tukuyin
isa sa mga maikling pangalan sa listahan sa command line sa halip. Kung ganoon gmx pdb2gmx
naghahanap lang ng katapat .ff direktoryo.

Pagkatapos pumili ng force field, lahat ng file ay mababasa lamang mula sa kaukulang puwersa
direktoryo ng field. Kung gusto mong baguhin o magdagdag ng mga uri ng nalalabi, maaari mong kopyahin ang puwersa
direktoryo ng field mula sa direktoryo ng aklatan ng GROMACS hanggang sa iyong kasalukuyang direktoryo na gumagana. Kung
gusto mong magdagdag ng mga bagong uri ng nalalabi sa protina, kakailanganin mong baguhin residuetypes.dat nasa
direktoryo ng aklatan o kopyahin ang buong direktoryo ng aklatan sa isang lokal na direktoryo at itakda ang
variable ng kapaligiran GMXLIB sa pangalan ng direktoryo na iyon. Suriin ang Kabanata 5 ng manwal
para sa higit pang impormasyon tungkol sa mga format ng file.

Tandaan na a .pdb Ang file ay hindi hihigit sa isang format ng file, at hindi ito kinakailangan
naglalaman ng istraktura ng protina. Ang bawat uri ng molekula kung saan mayroong suporta sa
maaaring ma-convert ang database. Kung walang suporta sa database, maaari mo itong idagdag
iyong sarili.

Ang programa ay may limitadong katalinuhan, nagbabasa ito ng isang bilang ng mga file ng database, na nagpapahintulot nito
upang gumawa ng mga espesyal na bono (Cys-Cys, Heme-His, atbp.), kung kinakailangan maaari itong gawin nang manu-mano.
Maaaring i-prompt ng program ang user na piliin kung anong uri ng LYS, ASP, GLU, CYS o HIS residue
ay ninanais. Para sa Lys ang pagpipilian ay sa pagitan ng neutral (dalawang proton sa NZ) o protonated (tatlo
proton, default), para sa Asp at Glu unprotonated (default) o protonated, para sa Kanyang
Ang proton ay maaaring nasa ND1, sa NE2 o sa pareho. Bilang default, tapos na ang mga pagpipiliang ito
awtomatiko. Para sa Kanya, ito ay batay sa isang pinakamainam na pagsasaayos ng hydrogen bonding.
Ang mga hydrogen bond ay tinukoy batay sa isang simpleng geometric na pamantayan, na tinukoy ng maximum
ang anggulo ng hydrogen-donor-acceptor at distansya ng donor-acceptor, na itinakda ng -ulo at
-dist ayon sa pagkakabanggit.

Ang protonation state ng N- at C-termini ay maaaring mapili nang interactive sa -ter bandila.
Ang mga default na termino ay ionized (NH3+ at COO-), ayon sa pagkakabanggit. Sinusuportahan ng ilang force field
zwitterionic forms para sa mga chain ng isang residue, ngunit para sa polypeptides ang mga opsyon na ito ay dapat
HINDI mapili. Ang mga patlang ng puwersa ng AMBER ay may mga natatanging anyo para sa mga nalalabi sa terminal, at
ang mga ito ay hindi tugma sa -ter mekanismo. Kailangan mong i-prefix ang iyong N- o C-terminal
nalalabi na mga pangalan na may "N" o "C" ayon sa pagkakabanggit upang magamit ang mga form na ito, siguraduhing iingatan mo
ang format ng coordinate file. Bilang kahalili, gumamit ng pinangalanang mga nalalabi sa pagtatapos (hal
ACE, NME).

Ang paghihiwalay ng mga kadena ay hindi lubos na mahalaga dahil ang markup sa user-generated na PDB
Ang mga file ay madalas na nag-iiba at kung minsan ay kanais-nais na pagsamahin ang mga entry sa isang TER
record, halimbawa kung gusto mo ng disulfide bridge o mga pagpigil sa distansya sa pagitan ng dalawa
mga chain ng protina o kung mayroon kang pangkat ng HEME na nakatali sa isang protina. Sa ganitong mga kaso maramihang
ang mga kadena ay dapat na nakapaloob sa isang solong uri ng molekula kahulugan. Upang mahawakan ito, gmx
pdb2gmx gumagamit ng dalawang magkahiwalay na opsyon. Una, -chainsep nagbibigay-daan sa iyo na pumili kapag bago
dapat magsimula ang chemical chain, at idinagdag ang termini kapag naaangkop. Ito ay maaaring gawin batay sa
ang pagkakaroon ng mga tala ng TER, kapag nagbago ang chain id, o mga kumbinasyon ng alinman o pareho
ng mga ito. Maaari mo ring gawin ang pagpili nang ganap na interactive. Bilang karagdagan, mayroong isang
-pagsanib opsyon na kumokontrol kung paano pinagsasama ang maraming chain sa isang moleculetype, pagkatapos
pagdaragdag ng lahat ng chemical termini (o hindi). Maaari itong i-off (walang pagsasama), lahat
ang mga non-water chain ay maaaring pagsamahin sa isang molekula, o ang pagpili ay maaaring gawin
interactive.

gmx pdb2gmx titingnan din ang occupancy field ng .pdb file. Kung alinman sa mga
ang mga occupancies ay hindi iisa, na nagpapahiwatig na ang atom ay hindi nareresolba ng maayos sa istraktura, a
ang mensahe ng babala ay inilabas. Kapag a .pdb Ang file ay hindi nagmula sa isang istraktura ng X-ray
pagtukoy sa lahat ng occupancy field ay maaaring zero. Alinmang paraan, nasa user ang pag-verify
ang kawastuhan ng input data (basahin ang artikulo!).

Sa panahon ng pagpoproseso, ang mga atom ay muling ayusin ayon sa mga kumbensyon ng GROMACS. Sa -n an
index file ay maaaring mabuo na naglalaman ng isang pangkat na muling inayos sa parehong paraan. Ito ay nagpapahintulot
mong i-convert ang isang GROMOS trajectory at i-coordinate ang file sa GROMOS. May isang limitasyon:
Ang muling pagsasaayos ay ginagawa pagkatapos na alisin ang mga hydrogen mula sa input at bago ang bago
idinagdag ang mga hydrogen. Nangangahulugan ito na hindi mo dapat gamitin -ignh.

Ang .gro at .g96 hindi sinusuportahan ng mga format ng file ang mga chain identifier. Samakatuwid ito ay kapaki-pakinabang sa
ipasok ang a .pdb pangalan ng file sa -o opsyon kapag gusto mong mag-convert ng multi-chain .pdb file.

Ang pagpipilian -vsite nag-aalis ng hydrogen at mabilis na hindi tamang dihedral na mga galaw. Angular at
maaalis ang mga galaw sa labas ng eroplano sa pamamagitan ng pagpapalit ng mga hydrogen sa mga virtual na site at pag-aayos
mga anggulo, na nag-aayos ng kanilang posisyon na may kaugnayan sa mga kalapit na atomo. Bilang karagdagan, ang lahat ng mga atomo
sa mga mabangong singsing ng karaniwang amino acids (ie PHE, TRP, TYR at HIS) ay maaaring
na-convert sa mga virtual na site, na inaalis ang mabilis na hindi tamang dihedral na pagbabagu-bago sa mga ito
singsing. nota na sa kasong ito ang lahat ng iba pang mga atomo ng hydrogen ay na-convert din sa virtual
mga site. Ang masa ng lahat ng mga atom na na-convert sa mga virtual na site, ay idinagdag sa mabigat
atomo

Ang pagpapabagal din ng dihedral na paggalaw ay maaaring gawin sa -mabigat ginagawa sa pamamagitan ng pagtaas ng
hydrogen-mass sa pamamagitan ng isang factor na 4. Ginagawa rin ito para sa mga hydrogen ng tubig na pabagalin ang
rotational motion ng tubig. Ang pagtaas sa masa ng mga hydrogen ay ibinabawas mula sa
nakagapos (mabigat) atom upang ang kabuuang masa ng sistema ay mananatiling pareho.

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-f [<.gro/.g96/...>] (eiwit.pdb)
Structure file: malaki g96 pdb brk ent esp tr

Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:

-o [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
Structure file: malaki g96 pdb brk ent esp

-p [<.top>] (topol.top)
Topology na file

-i [<.itp>] (posre.itp)
Isama ang file para sa topology

-n [<.ndx>] (malinis.ndx) (Opsyonal)
Index file

-q [<.gro/.g96/...>] (malinis.pdb) (Opsyonal)
Structure file: malaki g96 pdb brk ent esp

Iba pang mga opsyon:

-chainsep (id_or_ter)
Kundisyon sa mga PDB file kung kailan dapat magsimula ang isang bagong chain (pagdaragdag ng termini):
id_or_ter, id_and_ter, ter, id, interactive

-pagsanib (hindi)
Pagsamahin ang maraming chain sa iisang [moleculetype]: hindi, lahat, interactive

-ff (piliin)
Force field, interactive bilang default. Gamitin -h para sa impormasyon.

-tubig (piliin)
Modelo ng tubig na gagamitin: piliin, wala, spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p

-[walang]inter (hindi)
Itakda ang susunod na 8 opsyon sa interactive

-[no]ss (hindi)
Interactive na pagpili ng tulay ng SS

-[no]ter (hindi)
Interactive na pagpili ng terminal, sa halip na sisingilin (default)

-[no]lys (hindi)
Interactive lysine selection, sa halip na sisingilin

-[no] arg (hindi)
Interactive na pagpili ng arginine, sa halip na sisingilin

-[walang]asp (hindi)
Interactive aspartic acid selection, sa halip na sisingilin

-[walang]glu (hindi)
Interactive na pagpili ng glutamic acid, sa halip na sisingilin

-[no]gln (hindi)
Interactive na pagpili ng glutamine, sa halip na neutral

-[no] kanya (hindi)
Interactive histidine selection, sa halip na suriin ang H-bond

-ulo (135)
Pinakamababang anggulo ng hydrogen-donor-acceptor para sa isang H-bond (degrees)

-dist (0.3)
Pinakamataas na distansya ng donor-acceptor para sa isang H-bond (nm)

-[no]una (hindi)
Pumili ng mga mabangong singsing na may pinagsamang CH atoms sa phenylalanine, tryptophane at
tyrosine

-[no]ignh (hindi)
Huwag pansinin ang mga hydrogen atom na nasa coordinate file

-[walang] nawawala (hindi)
Magpatuloy kapag nawawala ang mga atomo, mapanganib

-[no]v (hindi)
Maging medyo mas verbose sa mga mensahe

-posrefc (1000)
Force constant para sa mga restraints sa posisyon

-vsite (Wala)
I-convert ang mga atom sa mga virtual na site: wala, hydrogens, aromatics

-[walang]mabigath (hindi)
Gawing mabigat ang mga atomo ng hydrogen

-[walang] deuterate (hindi)
Baguhin ang masa ng mga hydrogen sa 2 amu

-[walang] chargegrp (oo)
Gumamit ng mga pangkat ng pagsingil sa .rtp file

-[no]cmap (oo)
Gumamit ng mga torsion ng cmap (kung pinagana sa .rtp file)

-[walang]renum (hindi)
Muling bilangin ang mga nalalabi nang sunud-sunod sa output

-[no]rtpres (hindi)
paggamit .rtp mga pangalan ng entry bilang mga natitirang pangalan

Gumamit ng gmx-pdb2gmx online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net