Ito ang command na HPCmapper na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
HPCmapper - bumuo ng isang script upang mapa ang mga nabasa
SINOPSIS
HPCmapper [-vb] [-kint(20)] [-wint(6)] [-hint(50)] [-tint] [-Mint]
[-edoble(.85)][-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-msubaybayan]+ [-dalint(4)] [-degint(25)]
ref:db|dam reads:db|dam [una: int[-huling:int]]
DESCRIPTION
HPCmapper nagsusulat ng UNIX shell script sa karaniwang output na binubuo ng isang sequence ng
mga utos na epektibong "nagmamapa" sa bawat nabasa sa DB bumabasa laban sa isang reference set ng
mga sequence sa DB Ref, nire-record ang lahat ng nahanap na lokal na pagkakahanay sa pagkakasunud-sunod ng mga file
ref.reads.1.las, ref.reads.2.las, at iba pa, kung saan ref.reads.k.las naglalaman ng mga pagkakahanay
sa pagitan ng lahat ng Ref at ang k'th block ng bumabasa. Ang mga parameter ay eksaktong kapareho ng
para HPCdaligner(1) i-save na ang -k, -h, at -e ang mga default ay itinakda nang naaangkop para sa
pagmamapa, at ang -A at -I walang saysay ang mga pagpipilian Ref at bumabasa ay inaasahang maging
natatanging set ng data.
Kung ang mga integer una at huli ay nawawala, kung gayon ang script na ginawa ay para sa bawat block sa
ang database bumabasa. Kung una ay naroroon noon HPCmapper gumagawa ng script na naghahambing
bloke una sa pamamagitan ng huli (huli = una kung hindi naroroon) laban sa DAM Ref.
Gamitin ang HPCmapper online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net