Ito ang command na indigo-deco na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
indigo-deco - molecule scaffold detection at R-group deconvolution
SINOPSIS
indigo-deco file [parameter]
indigo-deco -h
DESCRIPTION
indigo-deco gumaganap ng molecule scaffold detection at R-group deconvolution. Tinanggap
ang mga format ay: Molfile, SDFile, RDFile, SMILES at CML.
Opsyon
indigo-deco tumatanggap ng mga sumusunod na parameter.
-h Mag-print ng mensahe ng tulong
-a Kalkulahin ang tinatayang scaffold (default ay eksakto)
-s
Isulat ang maximum na natagpuang scaffold sa molfile
-S
Isulat ang lahat ng nahanap na scaffold sa SD-file
-l
Huwag kalkulahin ang scaffold, ngunit i-load ito mula sa file
-sr
Sumulat ng scaffold na may mga R-site sa isang file
-o
Isulat ang mga nagreresultang naka-highlight na molekula sa file
-r
Isulat ang mga nagresultang molekula na may hiwalay na r-grupo upang i-file
nilikha Walang aromatic na pagsasaalang-alang
-- Minarkahan ang pagtatapos ng mga pagpipilian
HALIMBAWA
indigo-deco *.mol -o hl.sdf -s scaf.sdf
Basahin ang mga molekula mula sa mga molfile sa kasalukuyang direktoryo, i-save ang maximum na natagpuang scaffold
sa scaf.mol at i-save ang mga naka-highlight na molekula sa hl.sdf.
indigo-deco istraktura.mol marami.sdf -s scaf.mol -S allscafs.sdf -r rg.sdf
Basahin ang isang molekula mula sa structure.mol at maraming molekula mula sa marami.sdf, i-save
mga molekula na may mga r-rgoup sa rg.sdf at i-save ang lahat ng nahanap na scaffold sa allscafs.sdf.
indigo-deco *.smi -d readyscaf.mol -o hl.sdf
Magbasa ng maraming molekula mula sa bawat SMILES file sa kasalukuyang direktoryo, basahin
scaffold mula sa readyscaf.mol at i-save ang mga naka-highlight na molekula sa hl.sdf.
Gumamit ng indigo-deco online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net