Ito ang command loadPulses na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
loadPulses - load sequencing pulse information
SINOPSIS
loadPulses basFileName cmpFileName [pagpipilian]
DESCRIPTION
loadPulses naglo-load ng sequencing pulse information gaya ng inter-pulse distance o kalidad
impormasyon sa cmp.h5 file. Pinapayagan nito ang isa na pag-aralan ang kinetic at kalidad
impormasyon ayon sa hanay ng pagkakahanay.
Opsyon
basFileName
Ang input {bas,pls}.h5 o input.fofn.
cmpFileName
Ang cmp.h5 na file upang i-load ang impormasyon ng pulso.
-mga sukatan halaga
Isang listahan ng mga sukatan na pinaghihiwalay ng kuwit (na walang mga puwang).
Ang mga wastong opsyon ay:
WhenStarted, QualityValue, InsertionQV, MergeQV, DeletionQV, DeletionTag,
SubstitutionTag, SubstitutionQV, PreBaseFrames, IPD, StartFrame, PulseWidth,
WidthInFrames, Light, pkmid, ClassifierQV, PulseIndex
Ang mga default na opsyon ay:
QualityValue, ClassifierQV, StartFrame, PulseWidth, WidthInFrames, pkmid,
IPD
-failOnMissingData
Lumabas kung may nawawalang mga field ng data mula sa bas.h5 o pls.h5 input na
kinakailangan upang mag-load ng sukatan. Ang default ay isang babala.
-byread
Mag-load ng impormasyon ng pulso sa pamamagitan ng pagbabasa sa halip na pag-buffer ng mga sukatan.
-bymetric
I-load ang impormasyon ng pulso ayon sa sukatan sa halip na sa pamamagitan ng nabasa. Gumagamit ito ng mas maraming memorya kaysa
-byread, ngunit maaaring mas mabilis.
-maxElements halaga
Magtakda ng limitasyon sa laki ng pls/bas file na i-buffer -bymetric (default na halaga:
maximum int). Gamitin -byread kung lumampas ang limitasyon.
-maxMemory halaga
Magtakda ng limitasyon (sa GB) sa memorya upang mag-buffer ng data -bymetric (default na halaga: 4
GB). Gamitin -byread kung lumampas ang limitasyon.
-metaNElements halaga
Itakda ang bilang ng mga elemento sa cache ng meta data para sa pagbabasa ng bas/bax/pls.h5 file.
-rawNElementshalaga
Itakda ang bilang ng mga elemento sa raw data cache para sa pagbabasa ng bas/bax/pls.h5 file.
-rawChunkSize halaga
Itakda ang chunk size ng raw data cache para sa pagbabasa ng bas/bax/pls.h5 file.
Gumamit ng loadPulses online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net