Ito ang command obprobe na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
obprobe — lumikha ng electrostatic probe grid
SINOPSIS
obprobe [Opsyon] uri pchg filename
DESCRIPTION
Ang obprobe tool ay lumilikha ng grid sa paligid ng isang molekula, na naglalagay ng probe atom na may tinukoy
uri ng atom at bahagyang singil sa bawat punto upang kalkulahin ang enerhiya ng MMFF94. Ito ay maaaring gamitin
para sa mga eksperimento sa docking upang subukan ang hydrogen-bond affinity, electrostatic potential, atbp.
Ang output ay ipinapadala sa karaniwang output gamit ang Gaussian Cube na format.
Opsyon
Kung walang ibinigay na filename, ibibigay ng obprobe ang lahat ng opsyon kasama ang mga halimbawang probe.
-s sukat ng hakbang
Itakda ang resolution ng grid (stepsize)
-p paglalagay ng palaman
Itakda ang padding -- dagdag na distansya sa bawat panig ng kahon na nabuo ng molekula.
uri MMFF94 uri ng atom
pchg MMFF94 partial charge
HALIMBAWA
Suriin ang file pyridines.sdf gamit ang isang carbonyl oxygen -- isang hydrogen bond acceptor na may
bahagyang singil -0.57:
obprobe 7 -0.57 pyridines.sdf
Suriin ang file pyridines.sdf gamit ang isang phenyl carbon atom -- isang hydrophobic atom na walang
bahagyang bayad:
obprobe 37 0.0 pyridines.sdf
Gumamit ng obprobe online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net