Ito ang command placnet na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
placnet - proyekto ng Plasmid Constellation Network
DESCRIPTION
Ang Placnet ay isang bagong tool para sa pagsusuri ng plasmid sa mga proyekto ng NGS. Ang Placnet ay na-optimize upang gumana
na may mga pagkakasunud-sunod ng Illumina ngunit gumagana rin ito sa 454, Iontorrent o alinman sa aktwal
mga teknolohiya ng pagkakasunud-sunod.
Ang input ng placnet ay isang set ng contigs at isa o higit pang SAM file na may pagmamapa ng
nagbabasa laban sa contigs. Nakakuha ang Placnet ng isang set ng mga file, na madaling mabuksan sa Cytoscape
software o iba pang tool sa network.
Opsyon
Sumulat ng Template ng inputFile
planet -bumuo
Proseso ng network
planet -f inputFile.txt -p unlapi -l minuto
-f=s Input file para sa PLACNET analysis.
-p=s Prefix na pangalan para sa mga output file (default na 'placnet').
-l=s Minimun contig haba sa scaffold na proseso (default '200').
Gumamit ng placnet online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net