rods - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

rods - Raster3D preprocessor para sa mga ball-and-stick na modelo

SINOPSIS

rods [-h] [-b] [-radyus R] [-Bcolor Bmin Bmax]

Rods nagbabasa ng file na naglalarawan ng mga kulay ng atom at/o isang PDB coordinate file at gumagawa ng file
naglalaman ng mga tala ng deskriptor ng Raster3D. Ang file na ginawa ng rods maaaring direktang pakainin sa
magbunga o maaari itong isama sa mga descriptor file na ginawa ng iba pang Raster3D utilities.

HALIMBAWA

Upang ilarawan ang isang simpleng modelo ng bonds-only na kinulayan ng residue type:

cat mycolours.pdb protein.pdb | mga pamalo | render > mypicture.png

Upang i-render ang parehong molekula bilang ball-and-stick:

cat mycolours.pdb protein.pdb | tungkod -b | render > mypicture.png

Opsyon

-h

Pigilan ang mga tala ng header sa output. Bilang default rods gagawa ng isang output file na
nagsisimula sa mga tala ng header na naglalaman ng default na hanay ng mga opsyon sa pag-scale at pagproseso.
Ang -h sugpuin ng flag ang mga tala ng header na ito upang ang output file ay naglalaman lamang
mga deskriptor ng bagay. Ang pagpipiliang ito ay kapaki-pakinabang para sa paggawa ng mga file na naglalarawan lamang ng bahagi ng
isang eksena, at kung saan ay isasama sa ibang pagkakataon sa mga descriptor file na ginawa ng iba
mga programa.

-b

Bilang default rods maglalarawan lamang ng mga bono; ang -b na watawat ay magdudulot dito ng mga sphere sa
ang mga posisyon ng atom din, na nagbubunga ng isang ball-and-stick na representasyon.

-radyus R

Bilang default rods ay gumuhit ng mga bono bilang mga cylinder na may radius na 0.2A. Ang opsyon sa radius ay nagpapahintulot
mong baguhin ang cylindrical radius na ito.

-Bcolor Bmin Bmax

Magtalaga ng mga kulay batay sa mga halaga ng B sa halip na mula sa mga uri ng atom o residue. Mga atom na may B <=
Bibigyan ng kulay ang Bmin ng dark blue; ang mga atomo na may B >= Bmax ay kukulayan ng mapusyaw na pula; mga atomo na may
Bmin < B < Bmax ay itatalaga ng mga kulay na nagtatabing nang maayos sa spectrum mula asul hanggang
pula.

DESCRIPTION

Ang input sa rods binubuo ng isang text file na naglalaman ng impormasyon ng kulay at atomic
mga coordinate sa PDB data bank format. Ang mga coordinate ay output bilang Raster3D descriptor
mga talaan na may mga kulay at sphere radii na itinalaga ayon sa mga tala ng COLO na inilarawan
sa ibaba. Ang mga ball-and-stick figure ay may mga atom na iginuhit sa 0.2 * VanderWaals radius, na konektado ng
rod na may default na 0.2A cylindrical radius. Ang mga bono ay iginuhit para sa mga atomo na mas malapit
sa bawat isa kaysa sa 0.6 * (kabuuan ng VanderWaals radii). Bilang default, naglalaman ang output file
isang hanay ng mga tala ng header ayon sa hinihingi ng magbunga programa. Ang header ay ginawa sa
magsama ng TMAT matrix na tumutugma sa transformation matrix na nasa file
setup.matrix (kung mayroon man), o sa mga anggulong Eulerian na nasa file setup.angles (kung
ito ay umiiral na).

Ang mga kulay ay itinalaga sa mga atom gamit ang isang proseso ng pagtutugma, gamit ang mga tala ng COLOR na pinaghandaan
ang input PDB file. Kung walang COLOR na mga talaan sa input file, gagawin ng mga atom
makatanggap ng mga default na kulay ng CPK (C=grey, O=red, N=blue, S=yellow, P=green, other=magenta).
Gumagamit ang Raster3D ng pseudo-PDB na uri ng record na may parehong pangunahing layout tulad ng nasa itaas ngunit may
COLO sa unang 4 na column:

Haligi

1 - 4 COLO

7 - 30 Mask (inilarawan sa ibaba)

31 - 38 Pulang bahagi

39 - 46 Berde na bahagi

47 - 54 Asul na bahagi

55 - 60 van der Waals radius sa Angstroms

61 - 80 Mga Komento

Tandaan na ang mga bahaging Pula, Berde, at Asul ay nasa parehong posisyon gaya ng X, Y, at Z
mga bahagi ng isang ATOM o HETA record, at ang van der Waals radius ay pumapalit sa
Occupancy. Ang Pula, Berde, at Asul na mga bahagi ay dapat nasa hanay na 0 hanggang 1.

Ginagamit ang field ng Mask sa proseso ng pagtutugma gaya ng mga sumusunod. Una ang programa ay nagbabasa sa at
Iniimbak ang lahat ng mga tala ng ATOM, HETA, at COLO sa pagkakasunud-sunod ng pag-input. Pagkatapos ay dumaan ito sa bawat isa
nag-imbak ng ATOM/HETA na tala, at naghahanap ng COLO record na tumutugma sa ATOM/HETA
record sa lahat ng column 7 hanggang 30. Ang unang COLO record na makikita ang tinutukoy
ang kulay at radius ng atom.

Upang ang isang COLO record ay makapagbigay ng mga detalye ng kulay at radius para sa higit sa
isang atom (hal., batay sa nalalabi o uri ng atom, o anumang iba pang pamantayan kung saan maaaring ang mga label
ibibigay sa isang lugar sa column 7 hanggang 30), ang simbolo na "#" ay ginagamit bilang wildcard. Ibig sabihin a
# sa isang COLO record ay tumutugma sa anumang character sa kaukulang column sa isang ATOM o HETA
rekord. Dapat literal na tumugma ang lahat ng iba pang mga character upang mabilang bilang isang tugma. Tandaan na ang
ang pinakahuling COLO record sa input ay dapat may # na simbolo sa lahat ng column 7 hanggang 30 in
upang magbigay ng kulay para sa anumang atom na ang ATOM/HETA record ay hindi tumugma sa anumang nauna
COLO record. Ang ideyang ito ng pagtutugma ng mga maskara para sa mga detalye ng kulay ay dahil kay Colin
Dinala sa.

Kapaligiran

Ang mga file na setup.matrix at setup.angles, kung mayroon sila, ay nakakaapekto sa mga talaan ng header na ginawa
by rods.

SOURCE

web URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

makipag-ugnay:
Ethan A Merritt
Unibersidad ng Washington, Seattle WA 98195
merritt@u.washington.edu

Gumamit ng mga rod online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net