Ito ang Linux app na pinangalanang ISVASE na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang ISVASE1.1.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang ISVASE sa OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA SCREENSHOT:
ISVASE
DESCRIPTION:
Upang makabuo ng tamang mga mature na mRNA, ang mga exon ay dapat na matukoy at pinagsama nang tumpak at mahusay sa pamamagitan ng mekanismo ng RNA splicing. Dapat pansinin na humigit-kumulang isang ikatlo o kalahati ng lahat ng mutasyon na nagdudulot ng sakit ay nakakaapekto sa RNA splicing. Gayunpaman, mayroong maliit na tool sa bioinformatics upang direktang matukoy ang mga variant ng sequence na nauugnay sa mga splicing event (SVASE) batay sa data ng RNA-seq. Bumuo kami ng ISVASE, isang simple at maginhawang tool para sa direktang pagtukoy ng SVASE gamit ang RNA-seq data. Kung ikukumpara sa kasalukuyang software na PVAAS, ang aming pamamaraan ay may ilang mga pakinabang gaya ng mahigpit na mga filter na nakadepende sa panuntunan at mga filter na istatistika sa bawat hakbang, mga variant ng pagkakasunud-sunod ng pagtuklas para sa mga kilalang kaganapan sa pag-splice, mga variant ng pagkakasunud-sunod ng pagkakakilanlan sa dalawang bahagi ng splicing (junction) nang magkahiwalay, paglilipat ng junction ng detection mga kaganapan kung nagbibigay ng kilalang splicing annotation, pagsusuri ng splicing signal, paghahambing sa kilalang DNA mutation at/o RNA editing data, at maikling oras ng pagtakbo.
Mga tampok
- Ito ang unang tool upang matukoy ang variant ng sequence na nauugnay sa kaganapan ng splicing para sa parehong mga bagong variant ng splicing at kilalang mga variant ng splicing.
- Tinutukoy muna ng ISVASE ang mga variant ng sequence para sa bawat variant ng splicing, pagkatapos ay tinutukoy ang mga variant ng sequence para sa lahat ng nauugnay na variant ng splicing (parehong simula o pagtatapos ng junction) para sa pagsusuri ng paghahambing at pagsusuri sa istatistika.
- Kinikilala at hinuhusgahan ng ISVASE ang mga variant ng sequence para sa parehong bahagi ng junction nang hiwalay, na higit na maaring makilala ang epekto ng mga variant ng sequence para sa iba't ibang bahagi ng junction.
- Naglalapat ang ISVASE ng ilang mahigpit na filter na nakadepende sa panuntunan at mga filter na istatistika sa iba't ibang hakbang.
- Isinasaalang-alang ng ISVASE ang mga kaganapan sa paglilipat ng junction at mga signal ng junction (5' ss at 3' ss) upang alisin ang mga maling variant ng splicing.
- Maaaring gamitin ng ISVASE ang ibinigay ng user na DNA mutation at data sa pag-edit ng RNA upang italaga ang uri ng pinagmulan ng mga variant ng sequence.
- Nakukuha ng ISVASE ang flanking sequence ng mga variant ng sequence para sa exonic splicing enhancer motif search.
- Maaaring i-convert ng ISVASE ang default na sequence na variant file sa ANNOVAR input format file para sa variant na anotasyon.
- Gumagamit ang ISVASE ng 8 figure upang ipakita ang mga katangian ng mga variant ng sequence na nauugnay sa mga kaganapan sa pag-splice.
Audience
Agham/Pananaliksik
Wika ng Programming
Perl
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/isvase/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.