Ito ang Linux app na pinangalanang PTESFinder na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang ptesfinder_v1.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang PTESFinder na may OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
PTESFinder
DESCRIPTION:
Ang PTESFinder ay isang computational pipeline para sa pagtukoy ng mga kaganapan sa Post-transcriptional Exon Shuffling mula sa high-throughput na data ng RNAseq. Ginagamit ng PTESFinder ang kapangyarihan ng mga naitatag na tool ng RNASeq at sistematikong ibinubukod ang lahat ng kilalang klase ng mga false positive na istruktura sa pamamagitan ng paglalapat ng mahigpit na mga filter na idinisenyo upang partikular na i-target ang mga maling positibong ito. Inihahambing ng PTESFinder ang mga katangian ng pagkakahanay ng mga reads mapping sa mga pinaniniwalaang istruktura ng PTES na may mga katangian ng parehong mga nabasa kapag nakamapa sa mga genomic na rehiyon at mga canonically spliced transcript. Ang diskarteng ito ay nagpapataas ng kumpiyansa sa PTES na sumusuporta sa mga pagbabasa. Ang mga nabasa na nagmumula sa mga kaganapan sa paglipat ng template ay kadalasang nailalarawan ng malalaking indel kapag nakahanay sa transcriptome. Gumagamit ang PTESFinder ng mga karagdagang filter upang ibukod ang mga nabasa na may mga hindi malinaw na pagkakahanay sa paligid ng mga junction ng exon-exon ng PTES, na higit na nagpapataas ng kumpiyansa sa mga sumusuportang read na ito. Kinikilala ng PTESFinder ang higit pang mga istruktura ng PTES kaysa sa iba pang mga na-publish na pamamaraan habang pinapanatili ang mataas na pagtitiyak.
Audience
Agham/Pananaliksik
Interface ng gumagamit
Command-line
Wika ng Programming
Unix Shell, Java
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding makuha mula sa https://sourceforge.net/projects/ptesfinder-v1/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.