Ito ang Windows app na pinangalanang NGSEP na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang NGSEPwindows_4.1.0.zip. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang NGSEP sa OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Magsimula ng anumang OS OnWorks online emulator mula sa website na ito, ngunit mas mahusay na Windows online emulator.
- 5. Mula sa OnWorks Windows OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application at i-install ito.
- 7. I-download ang Wine mula sa iyong mga Linux distributions software repository. Kapag na-install na, maaari mong i-double click ang app upang patakbuhin ang mga ito gamit ang Wine. Maaari mo ring subukan ang PlayOnLinux, isang magarbong interface sa ibabaw ng Wine na tutulong sa iyong mag-install ng mga sikat na programa at laro sa Windows.
Ang alak ay isang paraan upang patakbuhin ang software ng Windows sa Linux, ngunit walang kinakailangang Windows. Ang alak ay isang open-source na layer ng compatibility ng Windows na maaaring direktang magpatakbo ng mga program sa Windows sa anumang desktop ng Linux. Sa totoo lang, sinusubukan ng Wine na muling ipatupad ang sapat na Windows mula sa simula upang mapatakbo nito ang lahat ng mga Windows application na iyon nang hindi talaga nangangailangan ng Windows.
MGA SCREENSHOT:
NGSEP
DESCRIPTION:
Ang NGSEP ay isang pinagsama-samang balangkas para sa pagsusuri ng data ng DNA high throughput sequencing. Ang pangunahing paggamit ng NGSEP ay ang pagtatayo at pagsusuri sa ibaba ng agos ng malalaking dataset ng genomic variation. Gumaganap ang NGSEP ng tumpak na pagtuklas at genotyping ng Single Nucleotide Variants (SNVs), maliit at malalaking indel, short tandem repeats (STRs), inversions, at Copy Number Variants (CNVs). Nagbibigay din ang NGSEP ng mga module para sa functional annotation, filtering, format conversion, paghahambing, clustering, imputation, introgression analysis at iba't ibang uri ng istatistika. Ang isang kumpletong listahan ng mga pag-andar ay magagamit sa aming wiki (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
BALITA: Ginawa lang naming available ang unang bersyon ng aming de-novo genomes assembler. Ang mga karagdagang detalye ay makukuha sa wiki.
Mga tampok
- Pagpupulong ng de-novo genome
- Alignment ng raw reads sa isang reference genome
- Pag-detect ng mga SNP, CNV at Structural Variant
- Pagmamanipula ng VCF: functional annotation, merge, filter, compare, format conversion, imputation
- Nagbabasa ng Demultiplexing
- Pag-align ng mga annotated genome assemblies
- Mga istatistika at pag-filter sa mga transcriptome annptations sa GFF3 na format
Audience
Industriya ng Pangangalagang Pangkalusugan, Agham/Pananaliksik, Ibang Audience, Agrikultura
Interface ng gumagamit
Java SWT, Console/Terminal, Eclipse
Wika ng Programming
Java
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.