andi - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

andi - evrimsel mesafeyi tahmin eder

SİNOPSİS

andi [-jlv] [-b INT] [-p FLOAT] [-m MODEL] [-t INT] DOSYALAR...

TANIM

andi yakından ilişkili genomlar arasındaki evrimsel mesafeyi tahmin eder. Bunun için andi
giriş dizilerini okur HIZLI dosyalar ve ikili çapa mesafesini hesaplar. NS
Bunun arkasındaki fikir, Haubold ve ark. (aşağıya bakınız).

ÇIKTI

Çıktı, simetrik bir mesafe matrisidir. FİLİP biçimi, her giriş temsil eden
pozitif bir gerçek sayı ile sapma. Sıfır mesafesi, iki dizinin olduğu anlamına gelir.
aynıdır, oysa diğer değerler nükleotid ikame oranı için tahminlerdir (Jukes-
Cantor düzeltildi). Teknik nedenlerle karşılaştırma başarısız olabilir ve hiçbir tahmin yapılamaz.
hesaplanmış. Bu gibi durumlarda nan yazdırılır. Bu, giriş dizilerinin
yöntemimizin düzgün çalışması için çok kısa (<200bp) veya çok çeşitli (K>0.5).

SEÇENEKLER

-B, --bootstrap
ile çoklu mesafe matrislerini hesaplayın. n-1 ilkinden önyüklenir. Bkz.
ayrıntılı bir açıklama için makale Klötzl & Haubold (2016, incelemede).

-j, --katılmak
Her biriniz varsa bu modu kullanın. HIZLI dosyalar çok sayıda bir derlemeyi temsil eder
devam ediyor. andi daha sonra dosya başına içerilen tüm dizileri tek bir dizi olarak ele alır
genetik şifre. Bu modda, komut satırı aracılığıyla en az bir dosya adı sağlanmalıdır.
argümanlar. Çıktı için her bir diziyi tanımlamak için dosya adı kullanılır.

-l, --düşük bellek
Çok iş parçacıklı modda, andi iş parçacığı miktarına doğrusal bellek gerektirir. NS
düşük bellek modu, bunu kullanılan sayıdan bağımsız olarak sabit bir talebe değiştirir
iş parçacığı Ne yazık ki, bu önemli bir çalışma zamanı maliyeti ile geliyor.

-m, -- model
Farklı nükleotid evrim modelleri desteklenmektedir. Varsayılan olarak Jukes-Cantor
düzeltme kullanılır.

-p
Bir çapa çiftinin önemi; varsayılan: 0.05.

-t
Kullanılacak iplik sayısı; varsayılan olarak, mevcut tüm işlemciler kullanılır.
Çoklu iş parçacığı yalnızca şu durumlarda kullanılabilir: andi OpenMP desteği ile derlenmiştir.

-v, --ayrıntılı
Ek bilgileri yazdırır. Ekstra ayrıntı için birden çok kez uygulayın.

-h, --yardım et
Özeti ve mevcut seçeneklerin açıklamasını yazdırır.

--versiyon
Sürüm bilgilerini ve bildirimleri verir.

TELİF HAKKI

Telif Hakkı © 2014, 2015 Fabian Klötzl Lisansı GPLv3+: GNU GPL sürüm 3 veya üstü.
Bu özgür bir yazılımdır: onu değiştirmekte ve yeniden dağıtmakta özgürsünüz. GARANTİSİ YOKTUR,
yasaların izin verdiği ölçüde. Tam lisans metni şu adreste mevcuttur:
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.

TEŞEKKÜR

1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. ve Pfaffelhuber, P. (2015). andi: Hızlı ve doğru
yakından ilişkili genomlar arasındaki evrimsel mesafelerin tahmini
2) Algoritmalar: Ohlebusch, E. (2013). Biyoinformatik Algoritmalar. Dizi Analizi, Genom
Yeniden Düzenlemeler ve Filogenetik Yeniden Yapılanma. sayfa 118f.
3) SA inşaatı: Mori, Y. (2005). İyileştirilmiş iki aşamalı son ekin kısa açıklaması
sıralama algoritması. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt

onworks.net hizmetlerini kullanarak andi'yi çevrimiçi kullanın