Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen autodock4 komutudur.
Program:
ADI
autodock - kimyasal ligandların protein reseptörlerine bağlanması
SİNOPSİS
otomatik yerleştirme4 [seçenekleri]
TANIM
AutoDock, kimyasal bileşiklerin proteinlere otomatik olarak yerleştirilmesini gerçekleştirir, yani
substratlar veya ilaç adayları gibi küçük moleküllerin bilinen 3D reseptörüne nasıl bağlandığı
yapısı.
AutoDockSuite, AutoDock'un yerleştirme işlemini gerçekleştirdiği iki ana programdan oluşur.
hedef proteini tanımlayan bir dizi ızgaraya ligand ve AutoGrid ön hesaplamaları
bu ızgaralar.
SEÇENEKLER
-p parametre_dosya adı
-l log_filename
-o Eski PDBQ biçimini kullanın, 55-61 sütunlarında q şarj edin
-k Orijinal kalıntı numaralarını koru
-i Üstbilgi denetimini yoksay
-t Torsiyonları kontrol etmek için PDBQ dosyasını ayrıştırın, ardından durdurun.
-c < command_file Komut modu, dosyaya göre
-c | control_program Komut modu, control_program tarafından
ÖRNEK
Debian'da /usr/share/doc/autodock dizini çalıştırılacak örnekler sunar. Bunu değiştir
gzip'li harita dosyalarını dizin ve paketini açın (kök olarak), ardından gösterildiği gibi AutoDock'u çalıştırın
Aşağıda:
gunzip *.map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
Sonuçların yorumlanmasına AutoDockTools paketi yardımcı olur. Lütfen ayrıca inceleyin
çevrimiçi sunulan öğreticiler.
onworks.net hizmetlerini kullanarak autodock4'ü çevrimiçi kullanın