Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen ChimeraSlayer komutudur.
Program:
ADI
kimera katmanı - PCR ile güçlendirilmiş DNA'daki olası kimeraları tespit eder
AÇIKLAMA
ChimeraSlayer, neredeyse tam uzunluktaki dizilerle uyumlu, kimerik bir dizi tespit aracıdır.
Sanger dizileri ve daha kısa 454-FLX dizileri (~500bp).
Chimera Slayer, kimerik 16S'yi işaretlemek için çalışan aşağıdaki bir dizi adımı içerir
rRNA dizileri:
1. Bir sorgu dizisinin uçları, dahil edilen bir referans veritabanına göre aranır
Bir kimeranın potansiyel ebeveynlerini belirlemek için kimera içermeyen 16S dizileri
2. Kimeranın aday ebeveynleri, dallanmış en iyiyi oluşturanlar olarak seçilir
NAST biçimli sorgu dizisine göre puanlama hizalaması
3. Sorgu dizisinin NAST hizalaması 'kimera uyumlu' bir profilde iyileştirildi.
seçilen referans ana dizilere NAST tabanlı yeniden hizalama
4. Daha büyük özellikler sergilediği tespit edilen sorgu dizilerini işaretlemek için evrimsel bir çerçeve kullanılır.
seçilenlerden herhangi ikisi arasında oluşan in silico kimeraya dizi homolojisi
referans ebeveyn dizileri.
Chimera Slayer'ı çalıştırmak için, daha nast-ier tarafından oluşturulan NAST biçimli dizilere ihtiyacınız var.
Yarar.
ChimeraSlayer, microbiomeutil paketinin bir parçasıdır.
SEÇENEKLER
gereklidir
--query_NAST
hizalama formatında sorgu dizileri içeren çoklu fasta dosyası
ortak seçenekleri
--db_NAST
NAST biçiminde db (varsayılan:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.NAST_ALIGNED.fasta)
--db_FASTA
fasta formatında db (megablast formatlı) (varsayılan:
/usr/share/microbiomeutil-data/RESOURCES/rRNA16S.gold.fasta)
-n karşılaştırılacak en iyi eşleşen veritabanı dizilerinin sayısı (varsayılan 15)
-R min sapma oranı varsayılanı: 1.007
-P eşleşen diziler arasında minimum yüzde özdeşlik (varsayılan: 90)
Parametreler için melodi ChimeraEbeveynSeçici:
Puanlama parametreleri:
-M maç skoru (varsayılan: +5)
-N uyumsuzluk cezası (varsayılan: -4)
-Q veritabanı sırasını eşleştirerek min sorgu kapsamı (varsayılan: 70)
-T çoklu hizalamanın maksimum traversleri (varsayılan: 1)
Parametreler için melodi ChimeraPhyloChecker
--Pencere boyutu
varsayılan 50
--windowStep
varsayılan 5
--minBS
chimera'yı çağırmak için minimum önyükleme desteği (varsayılan: 90)
--num_BS_replicates
varsayılan: 100
--low_range_finer_BS
(varsayılan: 10) Hesaplanan BS minBS ile (minBS - low_range_finer_BS) arasındaysa,
daha sonra num_finer_BS_replicates hesaplanır.
--num_finer_BS_replicates
(varsayılan: 1000)
-S hesaplama önyüklemesi için kesme noktasının her iki tarafında örneklenecek SNP'lerin yüzdesi
destek (varsayılan: 10)
--num_parents_test
Kimeraları test edecek potansiyel ebeveyn sayısı (varsayılan: 3)
--MAX_CHIMERA_PARENT_PER_ID
Bunun üzerinde perID'ye sahip Kimera/Ebeveyn hizalamaları kimera olmayanlar olarak kabul edilir
(varsayılan 100; kapalı)
Çeşitli seçenekleri
--printFinalHizalamalar
sorgu dizisi ile aday kimera ebeveyn çifti arasındaki hizalamayı gösterir
--printCShizalamaları
ChimeraSlayer çıktısında ChimeraSlayer hizalamalarını yazdır
--exec_dir
Çalıştırmadan önce buraya chdir
Onworks.net hizmetlerini kullanarak ChimeraSlayer'ı çevrimiçi kullanın