Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen dwgsim komutudur.
Program:
ADI
dwgsim: - kısa bir okuma simülatörü
SİNOPSİS
dwgssim [seçenekleri]
AÇIKLAMA
DWGSIM, modern sıralama platformlarından okumaları simüle eden kısa bir okuma simülatörüdür.
SEÇENEKLER
-e FLOAT
ilk okumanın taban/renk/akış hata oranı başına [0.020'den 0.020'ye 0.000'e]
-E FLOAT
ikinci okumanın taban/renk/akış hata oranı başına [0.020'den 0.020'ye 0.000'e]
-i çiftler için dış mesafe yerine iç mesafeyi kullanın [Yanlış]
-d Çiftler için iki uç arasındaki INT dış mesafe [500]
-s Çiftler için mesafenin INT standart sapması [50.000]
-N INT okuma çiftlerinin sayısı (-1 devre dışı bırakmak için) [-1]
-C FLOAT
mevcut pozisyonlar arasında ortalama kapsam (-1 devre dışı bırakmak için) [100.00]
-1 İlk okumanın INT uzunluğu [70]
-2 İkinci okumanın INT uzunluğu [70]
-r FLOAT
mutasyon oranı [0.0010]
-F FLOAT
düşük frekanslı somatik mutasyonları simüle etmek için verilen mutasyonun sıklığı [0.5000] Not:
F frekansı, mutasyonun ilk zincirini ifade eder, dolayısıyla
ikinci iplik 1-F frekansında meydana gelir
-R FLOAT
indel olan mutasyonların oranı [0.10]
-X FLOAT
bir indel'in uzatılma olasılığı [0.30]
-I INT minimum uzunluk indel [1]
-y FLOAT
rastgele bir DNA okuma olasılığı [0.05]
-n Belirli bir okumada izin verilen maksimum N sayısı [0]
-c INT, [0] için okumalar oluşturur: 0: Illumina 1: KATI 2: İyon Torrent
-S INT oluşturma okumaları [0]: 0: varsayılan (Illumina için zıt dizi,
SOLiD/Ion Torrent) 1: aynı iplikçik (eş çift) 2: zıt iplikçik (eşleştirilmiş uç)
-f STRING
Ion Torrent verileri için akış sırası [(null)]
-B İyon Torrent verileri için temel başına bir hata oranı kullanın [Yanlış]
-H haploid modu [Yanlış]
-z INT rastgele tohum (-1 geçerli saati kullanır) [-1]
-M yalnızca bir mutasyon dosyası oluştur [Yanlış]
-m DOSYA
[kullanılmıyor] yeniden oluşturulacak mutasyonlar txt dosyası
-b DOSYA
aday mutasyonların yatağa benzer dosya seti [(null)]
-v DOSYA
aday mutasyonların vcf dosya seti (iplik için pl etiketini kullanın) [(null)]
-x DOSYA
örtülecek bölgelerin yatağı [kullanmayan]
-P STRING
her okuma adının başına eklenecek bir okuma öneki [kullanılmıyor]
-q STRING
uygulanacak sabit bir temel kalite (tek karakter) [kullanılmıyor]
-Q FLOAT
temel kalite puanlarının standart sapması [2.00]
-s Çiftler için mesafenin INT standart sapması [50.000]
-h bu mesajı yazdır
Not: SOLiD montaj ilişkisi çifti okumaları ve BFAST için ilk okuma F3 ve ikincisi R3'tür. İçin
SOLiD montaj ilişkisi çifti okumaları ve BWA, ilk dosyadaki okumalar R3'tür ve okumalar şu şekilde açıklanır:
ilk okuma vb.
Not: Desteklenen en uzun ekleme 4294967295'tir.
onworks.net hizmetlerini kullanarak dwgsim'i çevrimiçi kullanın