Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen fastaq-filter komutudur.
Program:
ADI
fastaq_filter - Bir alt kümesini elde etmek için dizileri filtrele
TANIM
kullanım: fastaq_filter [seçenekler]
Bir dizi dosyasını dizi uzunluğuna ve/veya düzenli ifadeyle eşleşen ada göre filtreler
konumsal argümanlar:
infile Filtrelenecek girdi dosyasının adı
dış dosya
Çıktı dosyasının adı
isteğe bağlı argümanlar:
-h, --yardım et
bu yardım mesajını göster ve çık
--min_uzunluk INT
[0] tutmak için minimum dizi uzunluğu
--maksimum uzunluk INT
Saklanacak maksimum dizi uzunluğu [inf]
--normal ifade REGEX
Verilirse, yalnızca normal ifadeyle eşleşen bir adla okurlar tutulur
--ids_file DOSYA ADI
Verilirse, yalnızca verilen dosyada kimliği olan okumalar kullanılacaktır. satır başına bir kimlik
dosyası.
-v, -- ters çevir
Yalnızca filtrelerle eşleşmeyen dizileri saklayın
mat dosya için okumak çiftleri seçenekleri:
--mate_in DOSYA ADI
Montaj ilişkileri girdi dosyasının adı. Kullanılırsa, ayrıca sağlamalıdır --mate_out
--mate_out DOSYA ADI
Montaj ilişkileri çıktı dosyasının adı
--both_mate_pass
Varsayılan olarak, montaj ilişkisinden herhangi biri filtreyi geçerse her ikisi de çıktıyı okur. için bu bayrağı kullanın
bir çiftin her iki okumasının da filtreyi geçmesini gerektirir
onworks.net hizmetlerini kullanarak fastaq filtresini çevrimiçi kullanın