gamgi - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

gamgi - genel atomistik modelleme grafik arayüzü

SİNOPSİS

Gamgi [dosya_1.xml] ... [dosya_n.xml]

TANIM

Gamgi atomik yapıları inşa etmek, görüntülemek ve analiz etmek için bir bilgisayar paketidir.

SEÇENEKLER

dosya_n.xml şöyle bir tam addır:

../dat/molecule/flavours/garlic.xml
~/gamgi/dat/molecule/flavours/garlic.xml
http://www.gamgi.org/dat/molecule/flavors/garlic.xml
ftp://ftp.gamgi.org/gamgi/dat/molecule/flavors/garlic.xml

Nesne ve yapılandırma verileri karıştırılabilir, bu nedenle dosya_1.xml yüklenmiş bir tercihler dosyası olabilir
diğer nesne dosyalarından önce. Prosedürü otomatikleştirmek için, bunun gibi bir satır eklemeniz yeterlidir.
~ / .bashrc:

takma ad gamgi='gamgi ~/gamgi/my_defaults.xml'

ÇEVRE

GAMGI_HELP
GAMGI'nin Yardım dokümantasyon dosyalarının nerede olduğunu bilmesi için bu değişkeni ayarlayın. İçin
örneğin, bunun gibi bir satır ekleyin ~ / .bashrc :

GAMGI_HELP=~/gamgi/gamgi/belge; ihracat GAMGI_HELP

GAMGI_TEXT
GAMGI'nin işlenecek .ttf DejaVu dosyalarının nerede olduğunu bilmesini sağlamak için bu değişkeni ayarlayın.
sağlam yazı tipleri. Örneğin, şu şekilde bir satır ekleyin: ~ / .bashrc:

GAMGI_TEXT=~/gamgi/gamgi/src/io/fontlar; ihracat GAMGI_TEXT

TARAYICI
Bunun seçilmesi durumunda, GAMGI'nin hangi tarayıcıyı başlatacağını bilmesi için bu değişkeni ayarlayın.
Yardım'ı okumak için Örneğin, şu şekilde bir satır ekleyin: ~ / .bashrc:

TARAYICI=firefox; ihracat TARAYICI

YARDIM ET

Yardım->Başlat ile giriş bilgilerini okuyun. Belgelere göz atın
http://www.gamgi.org/ veya yerel kopyası gamgi/belge/. Yeniden birleştirilen yardım mekanizmalarını kullanın
Yardım düğmesinin altında. Posta listesine abone olungamgi-users@gamgi.org>.

Yazarla şu adresten iletişime geçin:jcgp07@gmail.com>.

Tüm arayüzler ve formatlar boyunca uzunluklar angstrom, açılar derece ve
ondalık sayılar noktalarla temsil edilir. Tanımlanabilen her parametre
arabirim bir dosyada da tanımlanabilir ve bunun tersi de mümkündür.

ARABİRİMLER

Sol, orta, sağ fare düğmesine basarak seçilen nesneyi döndürün, taşıyın, ölçekleyin.
Dosya->Dışa Aktar'ı seçerek seçili nesneyi dışa aktarın. Durum çubuğu seçilen nesneyi gösterir
(solda) ve katman (sağda).

Bir nesneyi seçmek için, Nesne->Seç'i seçin ve nesnenin üzerine basın. Veya nesneyi seçin
Nesneye basmadan önce orta düğmeyle yukarıdaki menüden sınıf. Veya basın
yukarıdaki menüde iki kez Katman, Pencere veya GAMGI. Nesnenin görseli olmadığında
temsilde, bir menüyü açmak için fareyi grafik alanı üzerine basın.

Bir katman seçmek için Katman->Seç'i seçin ve fareyi grafik alanının üzerine basarak açılır.
bir menü yukarı. Veya yukarıdaki menüden orta tuşla katman sınıfını seçin.
bir menüyü açmak için fareyi grafik alanı üzerine basarak.

Katı nesneler genellikle düzgün bir şekilde dağılmış ve aynasal bileşenlere sahip ışıklar gerektirir.
3B uzayda temsil edilir, aksi takdirde düz görünürler. Kablolu nesnelerin 3B'si yok
temsil, bu nedenle dağınık ve aynasal ışıklar yansıtılmaz, kötü görünür hale gelir
önemli bir ortam bileşeni kullanılmadıkça, ışıkları kullanırken. Çoğu zaman buna değer
Işıklı ve ışıksız farklı katmanlarda katı ve kablolu nesneler çizin.

Bir görev iletişim kutusu açıldığında, nasıl çalıştığını öğrenmek için Yardım->Geçerli'yi ve diğerini seçin.
Görev iletişim kutusundaki tüm parametrelerin anlamını açıklayan iletişim kutusu açılır.

GAMGI arayüzlerinin ayrıntılı açıklamalarını görmek için adresindeki başvuru kılavuzuna bakın.
http://www.gamgi.org/interfaces/reference.html, doc/interfaces/reference.html or
Yardım->Konu->Arayüzler.

BİÇİMLER

GAMGI dosyaları içe aktarabilir .xyz ve . Xml dosya tarafından otomatik olarak seçilen yerel biçim
uzantı. GAMGI dosyaları dışa aktarabilir .ps, .ppm, .jp[e]g, . Png, .tif[f], .x3d ve yerli
. Xml dosya uzantısı tarafından otomatik olarak seçilen biçimler.

GAMGI yerel XML formatında, bir su molekülü şu şekilde tanımlanabilir:












GAMGI biçimlerinin ayrıntılı açıklamalarını görmek için adresindeki başvuru kılavuzuna bakın.
http://www.gamgi.org/formats/reference.html, doc/formats/reference.html or
Yardım->Konu->Formatlar.

ÖRNEKLER

Çoğunu örnekleyen, tam olarak tanımlanmış prosedürlerin bir listesini almak için Yardım->Öğreticiler'i seçin.
GAMGI ile çalışmanın yönleri.

onworks.net hizmetlerini kullanarak gamgi'yi çevrimiçi kullanın