Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen genom-music-bmr-calc-wig-covgp komutudur.
Program:
ADI
genom müziği bmr calc-wig-covg - Verilen her kıpırdatma izi için gen başına kaplı bazları sayın
format dosyası.
VERSION
Bu belge, genom müziği bmr calc-wig-covg sürüm 0.04'ü (2016-01-01 at
23:10:18)
SİNOPSİS
genom müziği bmr calc-wig-covg --roi-file=? --referans-sıra=? --peruk listesi=?
--çıktı-dir=?
Genel kullanım:
... müzik bmr calc-wig-covg
--wig-list girdi_dizini/peruk_listesi
--output-dir çıktı_dir/
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa
--roi dosyası input_dir/all_coding_exons.tsv
GEREKLİ ARGÜMANLAR
roi dosyası Metin
Sekmeyle ayrılmış ROI listesi [chr start stop gene_name] (Açıklamaya bakın)
referans dizisi Metin
FASTA formatında referans dizisine giden yol
peruk listesi Metin
WIG dosyalarının sekmeyle ayrılmış listesi [örnek_adı wig_file] (Açıklamaya bakın)
çıktı-dir Metin
Çıktı dosyalarının ve alt dizinlerin yazılacağı dizin
TANIM
Bu komut dosyası, verilen her bir genin ROI'lerinde yeterli kapsama sahip bazları sayar.
iz formatındaki dosyaları oynatın ve bunları AT, CG (CpG olmayan) ve CpG sayıları olarak sınıflandırın.
Ayrıca, her bir numune için her bir genin tüm ROI'leri boyunca bu baz sayımlarını toplar, ancak
örtüşen ROI'ler içinde yer alan kapalı bazlar, birden fazla kez sayılmaz.
bu toplam sayılar.
ARGÜMANLAR
--roi dosyası
Her bir genin ilgi alanları (ROI'ler) tipik olarak hedeflenen bölgelerdir.
2-bp'li genlerin dizilenmesi veya birleştirilmiş ekzon lokusları (çoklu transkriptlerden)
kanatlar (ek bağlantıları). Gen başına baz sayıları için, örtüşen bir baz olacaktır.
aynı genin bir ROI'sinde her göründüğünde sayılır. Bunu önlemek için mutlaka
aynı genin örtüşen ROI'lerini bir araya getirin. BEDtools'un mergeBed kullanılması durumunda yardımcı olabilir
gen başına.
--referans-sıra
FASTA formatında referans dizisi. Bir referans dizi indeksi bulunamazsa
bu dosyanın yanında (bir .fai dosyası) oluşturulacaktır.
--peruk listesi
için örnek adları ve kıpırdatma izi biçimi dosya konumlarını içeren bir dosya sağlayın.
her biri. Satır başına sekmeyle ayrılmış biçimi [örnek_adı wig_file] kullanın. Ek sütunlar
gibi klinik verilere izin verilir, ancak göz ardı edilir. örnek_adı ile aynı olmalıdır
MAF dosyasında kullanılan tümör örneği adları (16. sütun, başlıkla birlikte)
Tümör_Örnek_Barkod).
--çıktı-dir
Aşağıdakilerin oluşturulacağı/yazılacağı bir çıktı dizini belirtin: roi_covgs:
Her bir numune için ROI başına kapsanan taban sayılarını içeren alt dizin. gen_covgs:
Her numune için gen başına kapsanan baz sayılarını içeren alt dizin. total_covgs:
Örnek başına genel örtüşmeyen kapsamları içeren dosya.
onworks.net hizmetlerini kullanarak genome-music-bmr-calc-wig-covgp'yi çevrimiçi kullanın