Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan biri kullanılarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmod_gff3_preprocessor.plp komutudur.
Program:
ADI
$0 - Bir chado veritabanına toplu yükleme için bir GFF3 dosyası hazırlar.
SİNOPSİS
% gmod_gff_preprocessor [seçenekler] --gfffile
KOMUT SATIRI SEÇENEKLER
--gfffile GFF3 içeren dosya (isteğe bağlı, okuyabilir
stdin'den)
--outfile Sonuç dosyalarını adlandırmak için kullanılacak çekirdek adı
--splitfile Dosyaları daha yönetilebilir parçalara bölerek
bölmeyi kontrol etmek için bir argüman
--onlysplit Dosyaları bölün ve çıkın (yani sıralama yapmayın)
--nosplit Dosyaları bölmeyin (yalnızca sıralayın)
--hasrefseq Dosya bir referans dizisi satırı içeriyorsa bunu ayarlayın
(Yalnızca dosyaları bölmüyorsanız gereklidir)
--dbprofile Bir gmod.conf profil adı belirtin (aksi takdirde varsayılanı kullanın)
--inheritance_tiers Bu dosya için kaç seviye kalıtım bekliyorsunuz?
sahip olmak (varsayılan: 3)
TANIM
splitfile -- Sadece bu bayrağı 1 olarak ayarlamak dosyanın referansa göre bölünmesine neden olur
sıra. İsteğe bağlı bir argüman sağlarsanız, buna göre daha fazla bölünecektir.
bu kurallar:
source=1 Dosyaları kaynak sütundaki değere göre böler
source=a,b,c Eşleşen kaynaklara sahip satırlar koyar (düzenli ifade yoluyla)
'a', 'b' veya 'c' ayrı bir dosyada
type=a,b,c 'a', 'b' veya 'c' ile eşleşen türlere sahip satırlar yerleştirir.
ayrı dosya
Örneğin, tüm analiz sonuçlarınızın ayrı bir dosyada olmasını istiyorsanız,
'--splitfile type=match' ve tüm cDNA_match, EST_match ve
cross_genome_match özellikleri ayrı dosyalara gider (referans sırasına göre ayrı).
inheritence_tiers -- Bu dosyanın sahip olduğu devralma düzeylerinin sayısı. örneğin, eğer
dosyanın içinde "merkezi dogma" genleri (gen/mRNA/ekson,polipeptid) vardır, o zaman 3'e sahiptir.
4'e kadar desteklenir, ancak sayı ne kadar yüksekse, o kadar yavaş çalışır. yapmazsan
biliyorum, 3 makul bir tahmin.
HIZLI dizi
GFF3 dosyası sonunda FASTA dizisi içeriyorsa, dizi bir
'.fasta' uzantılı ayrı bir dosya. Bu fasta dosyası daha sonra ayrı olarak yüklenebilir.
bölünmüş ve/veya sıralanmış GFF3 dosyaları şu komut kullanılarak yüklenir:
gmod_bulk_load_gff3.pl -g
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmod_gff3_preprocessor.plp'yi çevrimiçi kullanın