Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-helix komutudur.
Program:
ADI
gmx-helix - Alfa sarmallarının temel özelliklerini hesapla
SİNOPSİS
gmx sarmalı [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[CZ [<.gro/.g96/...>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[şimdi] [-r0 ] [-[hayır]q] [-[hayır]F]
[-[hayır]db] [-[hayır]ev] [-ahxstart ] [-ahxend ]
TANIM
gmx helezon her türlü sarmal özelliklerini hesaplar. İlk olarak, peptit bulmak için kontrol edilir
hidrojen bağları ve phi/psi açıları tarafından belirlenen en uzun sarmal kısım. bu biraz
etrafında ideal bir sarmalın içine yerleştirilmiş z-eksen ve orijin etrafında ortalanmıştır. Sonra
aşağıdaki özellikler hesaplanır:
· Helis yarıçapı (dosya yarıçap.xvg). Bu sadece iki boyuttaki RMS sapmasıdır.
tüm Calpha atomları için. sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N) olarak hesaplanır, burada N
omurga atomlarının sayısı. İdeal bir sarmal için yarıçap 0.23 nm'dir.
· Büküm (dosya büküm.xvg). Kalıntı başına ortalama sarmal açı hesaplanır. Bir ... için
alfa sarmalı 100 derece, 3-10 sarmal için daha küçük ve 5 sarmal için
daha büyük olacak.
· Kalıntı başına artış (dosya yükseliş.xvg). Kalıntı başına sarmal artış, şu şekilde çizilir:
fark z- Calpha atomları arasındaki koordinasyon. İdeal bir sarmal için bu 0.15 nm'dir.
· Toplam sarmal uzunluğu (dosya len-ahx.xvg). nm cinsinden sarmalın toplam uzunluğu. Bu
sadece ortalama artış (yukarıya bakın) çarpı sarmal kalıntı sayısı (aşağıya bakın).
· Helis dipolü, sadece omurga (dosya dip-ahx.xvg).
· Sadece Calpha atomları için hesaplanan ideal sarmaldan RMS sapması (dosya
rms-ahx.xvg).
· Ortalama Calpha - Calpha dihedral açısı (dosya phi-ahx.xvg).
· Ortalama phi ve psi açıları (dosya phipsi.xvg).
· Hirst ve Brooks'a göre 222 nm'de eliptiklik.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Taşınabilir xdr çalıştırma girdi dosyası
-n [<.ndx>] (indeks.ndx)
dizin dosyası
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
CZ [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
Yapı dosyası: harika g96 pdb brk ent esp
Diğer seçenekler:
-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)
-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)
-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt = ilk kez (ps) olduğunda kullanın
-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları
-r0 (1)
Dizideki ilk kalıntı numarası
-[hayır]q (yok hayır)
Her adımda dizinin hangi bölümünün sarmal olduğunu kontrol edin
-[hayır]F (Evet)
Mükemmel bir sarmal için geçiş yapın
-[hayır]db (yok hayır)
Baskı hata ayıklama bilgisi
-[hayır]ev (yok hayır)
ED için yeni bir 'yörünge' dosyası yazın
-ahxstart (0)
Heliksteki ilk kalıntı
-ahxend (0)
Sarmaldaki son kalıntı
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-helix'i çevrimiçi kullanın