Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-spol komutudur.
Program:
ADI
gmx-spol - Çözücü dipol yönelimini ve çözünen maddeler etrafındaki polarizasyonu analiz edin
SİNOPSİS
gmx spol [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[şimdi]
[-xvg ] [-[hayır]com] [-refat ] [-rmin ]
[-maks ] [-daldırma ] [-bw ]
TANIM
gmx seks bir çözünen maddenin etrafındaki dipolleri analiz eder; özellikle polarize su için kullanışlıdır.
Bir grup referans atomu veya bir kütle referans merkezi (seçenek -COM) ve bir grup
çözücü atomları gereklidir. Program solvent atomları grubunu moleküllere böler.
Her bir çözücü molekülü için referans grubundaki en yakın atoma veya
COM belirlendi. Bu mesafelerin kümülatif dağılımı çizilmiştir. Her biri için
arasındaki mesafe -rmin ve -maks uzaklık vektörü ile dipolün iç çarpımı
Çözücü molekülünün miktarı belirlenir. Net yüke (iyonlara) sahip çözücü molekülleri için,
Her iyonun seçiminde iyonun net yükü tüm atomlardan eşit olarak çıkarılır.
Bu dipol bileşenlerinin ortalaması yazdırılır. Aynı şey polarizasyon için de yapılır,
ortalama dipolün anlık dipolden çıkarıldığı yer. büyüklüğü
ortalama dipol seçeneği ile ayarlanır -daldırma, yön vektör tarafından tanımlanır
seçilen solvent grubundaki ilk atom, ikinci ve ikinci atom arasındaki orta noktaya kadar
üçüncü atom.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Taşınabilir xdr çalıştırma girdi dosyası
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
Diğer seçenekler:
-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)
-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)
-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt = ilk kez (ps) olduğunda kullanın
-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları
-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok
-[hayır]com (yok hayır)
Kütle merkezini referans konumu olarak kullanın
-refat (1)
Çözücü molekülünün referans atomu
-rmin (0)
Maksimum mesafe (nm)
-maks (0.32)
Maksimum mesafe (nm)
-daldırma (0)
Ortalama dipol (D)
-bw (0.01)
Kutu genişliği
Onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-spol'ü çevrimiçi kullanın