Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gt-ltrharvest komutudur.
Program:
ADI
gt-ltrharvest - LTR retrotranspozonlarını tahmin edin.
SİNOPSİS
gt hasat [seçenek ...] -indeks
TANIM
dizin [dizi]
geliştirilmiş sonek dizi indeksinin adını belirtin (zorunlu) (varsayılan: tanımsız)
-Aralık [başlama son]
LTR çiftlerinin arandığı giriş dizi(ler)inde aralığı belirtin (varsayılan:
[0..0])
-tohum [değer]
kesin tekrarlar için minimum tohum uzunluğunu belirtin (varsayılan: 30)
-minlenltr [değer]
her LTR için minimum uzunluğu belirtin (varsayılan: 100)
-maxlenltr [değer]
her LTR için maksimum uzunluğu belirtin (varsayılan: 1000)
-mindistltr [değer]
LTR başlangıç konumlarının minimum mesafesini belirtin (varsayılan: 1000)
-maxdistltr [değer]
LTR başlangıç konumlarının maksimum mesafesini belirtin (varsayılan: 15000)
-benzer [değer]
[1..100%] aralığında benzerlik eşiğini belirtin (varsayılan: 85.000000)
- darphane [değer]
her TSD için minimum uzunluğu belirtin (varsayılan: 4)
-maxtsd [değer]
her TSD için maksimum uzunluğu belirtin (varsayılan: 20)
-motif [dizi]
2 nükleotid startmotif + 2 nükleotid endmotif belirtin: ** (varsayılan: tanımsız)
-motifmis [değer]
motifte maksimum uyumsuzluk sayısını belirtin [0,3] (varsayılan: 4)
-vicdan [değer]
aranacak nükleotidlerin sayısını (solda ve sağda) belirtin
TSD'ler ve/veya tahmin edilen LTR retrotranspozonlarının 5' ve 3' sınırları etrafındaki motifler için
(varsayılan: 60)
-örtüşmeler [...]
no|en iyi|tümü belirtin (varsayılan: en iyi)
-xdrop [değer]
uzantı hizalaması için xdropbelowscore belirtin (varsayılan: 5)
-Mat [değer]
uzatma hizalaması için eşleşme puanı belirtin (varsayılan: 2)
-mis [değer]
uzatma hizalaması için uyumsuzluk puanı belirtin (varsayılan: -2)
-girişler [değer]
uzatma hizalaması için ekleme puanı belirtin (varsayılan: -3)
-'nin [değer]
uzantı hizalaması için silme puanı belirtin (varsayılan: -3)
-v [evet|hayır]
ayrıntılı mod (varsayılan: hayır)
-hakkında [evet|hayır]
şov eski stdout'ta GFF3 yerine tablo çıktısı (varsayılan: evet)
-seqids [evet|hayır]
GFF3 çıkışında sıra numaraları yerine sıra açıklamalarını kullanın (varsayılan: hayır)
-md5 [evet|hayır]
GFF5 çıkışındaki sıralara MD3 karmaları ekleyin (varsayılan: hayır)
-uzun çıktı [evet|hayır]
ek motif/TSD çıkışı (varsayılan: hayır)
-dışarı [dizi]
FASTA çıktı dosyası adını belirtin (varsayılan: tanımsız)
-dış [dizi]
iç bölgeler için FASTA çıktı dosyası adını belirtin (varsayılan: tanımsız)
-gff3 [dizi]
GFF3 çıktı dosyası adını belirtin (varsayılan: tanımsız)
-telafi etmek [değer]
GFF3 koordinatlarına ofset eklendi (varsayılan: 0)
-Tarama [evet|hayır]
dizini tamamen belleğe eşlemek yerine sırayla tarayın (varsayılan: evet)
-Yardım
temel seçenekler ve çıkış için yardımı görüntüle
-yardım+
tüm seçenekler için yardımı görüntüle ve çık
-version
sürüm bilgilerini göster ve çık
EK Hizmetler
Ayrıntılı bilgi için lütfen ltrharvest kılavuzuna bakın.
RAPORLAMA BÖCEK
Hataları şuraya bildir:gt-users@genometools.org>.
onworks.net hizmetlerini kullanarak gt-ltrharvest'i çevrimiçi kullanın