hhsearch - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

hhsearch - sorgu hizalaması veya HMM sorgusu ile bir HMM veritabanında arama yapın

SİNOPSİS

hhsarama -i sorgu -d veritabanı [seçenekleri]

AÇIKLAMA

HHsearch sürüm 2.0.16 (Ocak 2013) Bir sorgu hizalaması ile HMM'lerin bir veritabanını arayın veya
sorgu HMM (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser Soding,
J. HMM-HMM karşılaştırması ile protein homoloji tespiti. Biyoinformatik 21:951-960 (2005).

-i
giriş/sorgu çoklu dizi hizalaması (a2m, a3m, FASTA) veya HMM

-d
hhm, HMMER veya a3m formatında birleştirilmiş HMM'lerin HMM veritabanı VEYA dosyada
extension pal, HMM dosya adlarının listesi, satır başına bir tane. Birden çok dbs, HMM veya pal
dosyalar -d ' ...'

baştan sona 'stdin' veya 'stdout' olabilir.

Çıktı seçenekleri:
-o
sonuçları standart biçimde dosyaya yaz (varsayılan= )

-Ofalar
önemli eşleşmelerin ikili hizalamalarını FASTA formatında yazın.
a3m, a2m ve psi formatında çıktı (örn. -Oa3m)

-oa3m
a3m formatında önemli eşleşmelerin MSA'sını yazın a2m, psi, çıktı için benzer,
ve hhm biçimi (örn. -ohhm)

-e [0,1]
Çoklu hizalamaya dahil etmek için E-değeri kesmesi (def=0.001)

-seq
maks. görüntülenen sorgu/şablon dizisi sayısı (def=1) Taşmalara karşı dikkatli olun! Tüm
bu diziler bellekte saklanır.

-Eksileri fikir birliği sırasını sorgu MSA'sının ana sırası olarak göster

-noconlar
hizalamalarda fikir birliği sırasını gösterme (varsayılan=göster)

-nopred
hizalamalarda tahmini 2 günlük yapıyı gösterme (varsayılan=göster)

-nodssp
hizalamalarda DSSP 2ndary yapısını gösterme (varsayılan=göster)

-ssconf
hizalamalarda öngörülen 2 günlük yapı için güvenleri göster

-p
özet ve hizalama listesindeki minimum olasılık (def=20)

-E
özet ve hizalama listesindeki maksimum E değeri (def=1E+06)

-Z
özet isabet listesindeki maksimum satır sayısı (def=500)

-z
özet isabet listesindeki minimum satır sayısı (def=10)

-B
hizalama listesindeki maksimum hizalama sayısı (def=500)

-b
hizalama listesindeki minimum hizalama sayısı (def=10)

-aliv [40,..[
hizalama listesinde satır başına sütun sayısı (def=80)

-dbstrlen
hhr dosyasında yazdırılacak veritabanı dizesinin maksimum uzunluğu

Filtre sorgusu çoklu sıra hizalaması

-İD [0,100] maksimum ikili dizi özdeşliği (%) (def=90)

-fark [0,inf[
en az bu kadarını koruyarak en çeşitli dizileri seçerek MSA'yı filtreleyin
50 uzunluğundaki her bir MSA bloğundaki sıralar (def=100)

-cov [0,100] sorgu ile minimum kapsam (%) (def=0)

-kid [0,100] sorgu ile minimum dizi kimliği (%) (def=0)

-qsc [0,100] sorgulu sütun başına minimum puan (def=-20.0)

-neff [1,inf]
hedef hizalama çeşitliliği (varsayılan=kapalı)

Giriş hiza biçimi:
-M a2m, A2M/A3M'yi kullanır (varsayılan): büyük harf = Eşleşme; küçük harf = Ekle; '-' = Sil; '.' =
uçlara hizalanmış boşluklar (atlanabilir)

-M ilk
FASTA kullanın: 1. dizide kalıntı bulunan sütunlar eşleşme durumlarıdır

-M [0,100]
FASTA kullanın: %X'ten daha az boşluk içeren sütunlar eşleşme durumlarıdır

-etiketler His-, C-myc-, FLAG-etiketlerini ve tripsin tanıma dizisini nötralize ETMEYİN.
arka plan dağıtımı

HMM-HMM hiza seçenekleri:
-norealign
görüntülenen isabetleri MAC algoritmasıyla yeniden hizalamayın (def=yeniden hizalayın)

-makt [0,1[
MAC yeniden hizalaması için arka olasılık eşiği (def=0.350) Parametre kontrolleri
hizalama açgözlülüğü: 0:global >0.1:yerel

-küre/-loc
arama/sıralama için genel/yerel hizalama modunu kullanın (def=yerel)

-alt
bu kadar önemli alternatif hizalamayı göster(def=2)

-vit arama/sıralama için Viterbi algoritmasını kullan (varsayılan)

-Mac arama/sıralama için Maksimum Doğruluk (MAC) algoritmasını kullanın

-ileri
arama için İleri olasılığını kullanın

-hariç
sorgu konumlarını hizalamadan hariç tut, örneğin '1-33,97-168'

-vardiya [-1,1]
puan farkı (def=-0.03)

-kor [0,1]
çift ​​korelasyonlar için terim ağırlığı (def=0.10)

-sc amino asit skoru (tja: j sütununda şablon HMM) (def=1)

0 = log2 Toplam(tja*qia/pa) (pa: aa arka plan frekansları)

1 = log2 Toplam(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta))

2 = log2 Sum(tja*qia/ta) (ta: şablondaki av. aa frekansları)

3 = log2 Sum(tja*qia/qa) (qa: sorguda av. aa frekansları)

5 yerel amino asit bileşimi düzeltmesi

-ssm {0,..,4}
0: ss puanlaması yok 1,2: ss, hizalamadan sonra veya sırasında puanlama [varsayılan=2] 3,4: ss
hizalama sonrasında veya sırasında puanlama, tahmin edilene karşı tahmin edilen

-sw [0,1] ss puanının sütun puanına kıyasla ağırlığı (def=0.11)

SSA [0,1] SS ikame matrisi = (1-ssa)*I + ssa*tam-SS-değiştirme matrisi
[tanım=1.00)

Boşluk maliyet seçenekleri:
-boşluk [0,inf[
Geçiş pseudocount katkısı (def=1.00)

-boşluk [0,inf[
Açık boşluk için geçiş pseudocount katkısı (varsayılan=0.15)

- esneme [0,1.5]
Uzatma boşluğu için geçiş pseudocount katkısı (def=1.00)

-boşluk ]0,inf]
silmeler için boşluk açma cezasını artırma/azaltma faktörü (def=0.60)

-boşluk ]0,inf]
kesici uçlar için boşluk açma cezasını artırma/azaltma faktörü (def=0.60)

-boşluk ]0,inf]
boşluğu artırma/azaltma faktörü silmeler için uzatma cezası(def=0.60)

-gapi ]0,inf]
kesici uçlar için boşluk uzatma cezası artırma/azaltma faktörü(def=0.60)

-egq Sorgu kalıntılarına hizalanmış uç boşluklar için [0,inf[ cezası (bit) (def=0.00)

-örneğin Şablon kalıntılarına hizalanmış uç boşluklar için [0,inf[ cezası (bit) (def=0.00)

Sözde sayım (Pc) seçenekleri:
-pcm {0,..,3}
bilgisayar katkısının konum bağımlılığı 'tau' (pc modu, varsayılan=2) 0: sözde sayım yok:
tau = 0 1: sabit tau = a 2: çeşitliliğe bağlı: tau = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: i sütunu etrafındaki yerel MSA'daki etkin dizilerin sayısı)
3: sabit çeşitlilik sözde sayımları

-pca [0,1] genel pseudocount karışımı (def=1.0)

-pcb [1,inf[ için Neff eşik değeri -pcm 2 (def=1.5)

-pcc [0,3] için yok olma üssü c -pcm 2 (def=1.0)

bağlama özel sözde sayılar:
-bağlamsız
bağlama özel sözde sayımlar yerine ikame matrisi kullanın

-bağlam bağlama özel sözde sayıları hesaplamak için bağlam dosyası
(varsayılan=./data/context_data.lib)

-cslib
hızlı veritabanı ön filtrelemesi için sütun durumu dosyası (default=./data/cs219.lib)

-csw [0,inf] cs pseudocount modunda merkezi konumun ağırlığı (def=1.6)

-csb [0,1] cs pc modundaki konumlar için ağırlık azalma parametresi (def=0.9)

Diğer seçenekleri:
-İşlemci
kullanılacak CPU sayısı (paylaşılan bellek SMP'leri için) (varsayılan=1)

-v
ayrıntılı mod: 0: ekran çıktısı yok 1: yalnızca uyarılar 2: ayrıntılı

-maxres
maksimum HMM sütunu sayısı (def=15002)

-maxmem [1,inf[ GB cinsinden maksimum kullanılabilir bellek (def=3.0)

-skorlar tüm ikili karşılaştırmalar için puanları dosyaya yaz

-sakinlik {0,..,3} 0:sorgu 1:şablon 2:her ikisi için ampirik puan kalibrasyonu

varsayılan 3: EVD parametrelerinin sinir ağı tabanlı tahmini

Örnek: hhsearch -i a.1.1.1.a3m -d kapsam70_1.71.hhm

onworks.net hizmetlerini kullanarak hhsearch'ü çevrimiçi kullanın