Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen mipe2dbSTS komutudur.
Program:
ADI
mipe2dbSTS.pl - dbSTS'ye gönderilmek üzere girdi dosyası oluşturur
çıktıya dahil edildi: dbSTS gönderiminin STS bölümü
MIPE sürüm v1.1'e dayalı
argümanlar: * mipe_file
* yapılandırma dosyası
* (isteğe bağlı) PCR kimliklerinin listesi
Yapılandırma dosyası, eşittir işaretiyle ('=') ayrılmış bir anahtar ve bir değer içeren satırlardan oluşur.
Anahtar, NCBI gönderim dosyasının küçük harf adından oluşur (dbSTS web sitesine bakın), ardından
bir alt çizgi ve o dosyadaki alanın küçük harf adı.
Yapılandırma dosyasında aşağıdaki alanlar tanımlanmalıdır:
pub_title=
yayın_yazarları=
kaynak_adı=
kaynak_organizma=
devam_adı=
devam_faks=
devam_tel=
devam_e-posta=
devam_lab=
devam_inst=
devam_addr=
protokol_adı=
protokol_protokol=
arabellek_adı=
tampon_buffer=
sts_pcr_profile=
Protocol_protocol, buffer_buffer ve sts_pcr_profile için daha fazla satır gereklidir (örneğe bakın).
Bir yapılandırma dosyası örneği şuna benzer:
pub_title=Tavuk SNP'lerinin genetik haritalaması
pub_authors=Aerts,JA; Veenendaal, T.; Crooijmans,RPMA; Gröenen, MAM
source_name=Tavuk genomik DNA'sı
source_organism=Gallus gallus
cont_name=Ocak Aerts
devam_faks=+31 317 483929
devam_tel=+31 317 483397
devam_e-posta=jan.aerts@wur.nl
cont_lab=Hayvan Yetiştiriciliği ve Genomik Grubu
cont_inst=Wageningen Üniversitesi
cont_addr=Posta Kutusu 338, 6700 AH Wageningen, Hollanda
protokol_adı=Protocol_Aerts
protokol_protokol=Şablon: 30-60 ng
protokol_protocol=Astar: her biri 4 uM
protokol_protokol=dNTP'ler: her biri 200 uM
protokol_protokol=Taq: 0.3 birim
protokol_protocol=Hacim: 12 ul
buffer_name=Buffer_Aerts
tampon_buffer=MgCl2: 1.5 mM
tampon_buffer=(NH4)2SO4: 20 mM
buffer_buffer=Tris-HCl: 75 mM
buffer_buffer=Tween 20: %0.01 (a/h)
tampon_buffer=pH: 8.8
onworks.net hizmetlerini kullanarak mipe2dbSTS'yi çevrimiçi kullanın