seqfragglee - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

seqfraggle - DHF dosyalarından parça dizilerini kaldırır.

SİNOPSİS

sıralı parça -dhfinyolu yönetici listesi -harma tamsayı -dhfoutdir dış yön

sıralı parça -Yardım

AÇIKLAMA

sıralı parça EMBOSS'un (“Avrupa Moleküler Biyoloji Açık
Yazılım Paketi”). "Protein:3D Structure" komut grup(lar)ının bir parçasıdır.

SEÇENEKLER

Giriş Bölüm
-dhfinyolu yönetici listesi
Bu seçenek, DHF dosyalarının (etki alanı isabet dosyaları) veya diğer sıranın konumunu belirtir.
dosyalar (giriş). Bir 'alan isabet dosyası', etki alanına sahip veritabanı isabetlerini (dizileri) içerir
FASTA veya EMBL formatlarında sınıflandırma bilgisi. İsabetler bir SCOP ile akrabadır
veya CATH ailesi ve bir dizi veri tabanının aranmasından bulunur. içeren dosyalar
PSIBLAST tarafından alınan isabetler SEQSEARCH kullanılarak oluşturulur. Alternatif olarak, SEQFRAGGLE
herhangi bir ortak formattaki dizi veya dizi setlerini kabul edecektir. Varsayılan değer: ./

gereklidir Bölüm
-harma tamsayı
Bu seçenek, parçaların tanımı için medyan uzunluk yüzdesini belirtir.
SEQFRAGGLE önce girdi dosyasındaki tüm dizilerin medyan uzunluğunu belirler,
daha sonra eşik yüzdesi dahilinde olmayan tüm isabet dizilerini atar.
ortanca uzunluk. Kalan diziler çıktı dosyasına yazılır. Varsayılan değer:
50

Çıktı Bölüm
-dhfoutdir dış yön
Bu seçenek, DHF dosyalarının (etki alanı isabet dosyaları) (çıktı) konumunu belirtir. A
'alan isabet dosyası', alan sınıflandırmasına sahip veritabanı isabetlerini (dizileri) içerir
FASTA veya EMBL formatlarında bilgi. İsabetler, bir SCOP veya CATH ailesine akrabadır
ve bir dizi veritabanı aramasından bulunur. Tarafından alınan isabetleri içeren dosyalar
PSIBLAST, SEQSEARCH kullanılarak oluşturulur. Alternatif olarak, SEQFRAGGLE çıktı yazacaktır
ortak formatlardan herhangi birinde dosyalar. Varsayılan değer: ./

onworks.net hizmetlerini kullanarak çevrimiçi seqfragglee kullanın