Bu, en son sürümü parasim-v0.05.zip olarak indirilebilen, çevrimiçi Linux'ta çalışacak ParaSim adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
OnWorks ile çevrimiçi olarak Linux'ta çalıştırmak için ParaSim adlı bu uygulamayı çevrimiçi olarak indirin ve çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN GÖRÜNTÜLERİ:
ParaSim çevrimiçi olarak Linux'ta çalışacak
AÇIKLAMA:
Büyük bileşik veri tabanlarının çeşitlilik değerlendirmeleri ve karşılaştırmaları, uygun bir zamanda milyonlarca bileşiğin benzerliklerinin hesaplanmasını gerektirir. ParaSim, hesaplamaları tek bir makinede bulunan bilgi işlem çekirdeklerinin sayısına göre paralel hale getirerek bu zorluğu giderir. Çok sayıda başvuru yapısına karşı çok sayıda sorgu yapısının verimi için optimize edilmiştir. Özel bir özellik olarak, ParaSim, kısa yanıt süreleri için bellekte kalıcı nesneler olarak sık sorgulanan veri kümelerini depolamaya ve bunlara erişmeye izin verir.ParaSim, ikili yapısal parmak izlerine dayalı kimyasal benzerlikleri hesaplar. Parmak izlerini kendi başına hesaplamaz, ancak bunu yapmak için üçüncü taraf yazılımlara güvenir. Temel olarak, bir dizi bit (bir bit kümesi) içinde saklanabilen her türlü yapısal parmak izi ParaSim tarafından kullanılabilir.
Wiki'ye bakın (https://sourceforge.net/p/parasim/wiki/Documentation/) ayrıntılı belgeler için.
GERİ BİLDİRİM ÇOK ÖNEMLİ!
Özellikler
- Birden çok bilgi işlem çekirdeğini kullanır
- Parmak izlerini bellekte kalıcı olarak saklayabilir ve bunlara erişebilir
- Raporlanan sonuçlar: Sorgu molekülü kimliği, referans molekül kimliği, benzerlik katsayısı ve isteğe bağlı olarak Smiles/InChi-Key/Chime dizisi vb. gibi ek veriler.
- Sorgu ve benzerlik eşikleri başına kullanıcı tanımlı isabet sayısına izin verir
- Farklı parmak izi bit kümesi boyutlarına izin verir
- Talep üzerine ayrıntılı ilerleme bilgisi sağlar
- Kurulum gerekli değil
- Parmak izlerini .txt veya .txt.gz dosyalarından Base64 ile kodlanmış bit kümeleri olarak okur
- RDKit, PipelinePilot(TM) ve Knime için demo uygulamaları dahildir
- Doğrudan SDF veya Smiles dosyalarından arama yapmak için komut dosyaları dahildir
Seyirci
Geliştiriciler, Son Kullanıcılar/Masaüstü, Test Kullanıcıları, Bilim/Araştırma
Kullanıcı arabirimi
Komut satırı, Konsol/Terminal
Programlama dili
C, Perl, Piton
Bu, https://sourceforge.net/projects/parasim/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.