This is the Linux app named clusterProfiler whose latest release can be downloaded as clusterProfilersourcecode.tar.gz. It can be run online in the free hosting provider OnWorks for workstations.
ClusterProfiler adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak çevrimiçi indirin ve çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN GÖRÜNTÜLERİ:
kümeProfiler
AÇIKLAMA:
clusterProfiler, yüksek verimli omik sonuçlarını yorumlamak için işlevsel zenginleştirme analizine yönelik birleşik bir iş akışı sağlayan bir R/Bioconductor paketidir. Hem aşırı temsil analizini hem de gen seti zenginleştirme analizini destekleyerek, sıralanmamış gen listeleri veya diferansiyel veri hatlarından sıralanmış istatistiklerle çalışmanıza olanak tanır. Paket, tutarlı bir arayüz aracılığıyla Gen Ontolojisi, KEGG, Reactome, Hastalık Ontolojisi, MeSH ve diğerleri gibi birden fazla bilgi tabanına bağlanır, böylece kodu yeniden yazmadan farklı biyolojik bakış açılarını sorgulayabilirsiniz. Sürekli güncellenen açıklamalardan yararlanarak kodlama ve kodlamayan özellikleri ve binlerce organizmayı kapsayan genişlik için tasarlanmıştır. Sonuçlar, düzenli ve manipülasyona uygun yapılarda döndürülür ve yolları, terimleri ve gen seti ilişkilerini özetlemek için zengin görselleştirme işlevleriyle (eşlik eden araçlar aracılığıyla) doğal bir şekilde eşleşir.
Özellikler
- Birden fazla açıklama kaynağında birleşik ORA ve GSEA iş akışları
- Güncel gen açıklamalarını kullanarak geniş tür desteği
- Alt akış R veri kanallarıyla temiz bir şekilde bütünleşen düzenli çıktılar
- Eşlik eden çizim araçları aracılığıyla zenginleştirme sonuçlarının yerleşik görselleştirilmesi
- Çapraz koşul analizi için çok gruplu karşılaştırma yardımcı programları (örneğin compareCluster)
- Tekrarlanabilir, uçtan uca zenginleştirme çalışmaları için ayrıntılı kısa öyküler ve kılavuzlar
Programlama dili
R
Kategoriler
Bu uygulama, https://sourceforge.net/projects/clusterprofiler.mirror/ adresinden de indirilebilir. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden biri üzerinden çevrimiçi olarak en kolay şekilde çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.