Bu, en son sürümü gen3d.cpp olarak indirilebilen, Linux'ta çevrimiçi çalışacak Gen3D adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
OnWorks ile çevrimiçi olarak Linux'ta çalıştırmak için Gen3D adlı bu uygulamayı çevrimiçi olarak indirin ve çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN GÖRÜNTÜLERİ:
Gen3D, Linux'ta çevrimiçi çalışacak
AÇIKLAMA:
Gen3D, üç boyutlu genom ve kromozom modellerini belirlemek için tasarlanmış bir uygulamadır. Üç boyutlu konformasyonlar oluşturmak için kromozomal temas verilerini kullanır. Bu yöntem, kromozomal temasların büyük bir bölümünü karşılayan üç boyutlu kromozom modelleri üretebilir.Yazılım, ABD, Columbia, Missouri Üniversitesi Bilgisayar Bilimleri Bölümünde bulunan Prof. Jianlin Cheng'in Biyoinformatik, Veri Madenciliği ve Makine Öğrenimi Laboratuvarında geliştirilmiştir. Proje, Ulusal Bilim Vakfı (hibe no. DBI1149224) tarafından desteklenmektedir.
Araştırmanızda Gen3D kullanıyorsanız, lütfen şunları belirtin:
Nowotny, Jackson, Sharif Ahmed, Lingfei Xu, Oluwatosin Oluwadare, Hannah Chen, Noelan Hensley, Tuan Trieu, Renzhi Cao ve Jianlin Cheng. "Kromozomal temas verilerinden insan kromozomlarının üç boyutlu modellerinin yinelemeli rekonstrüksiyonu." BMC biyoinformatik 16, no. 1 (2015): 338.
Özellikler
- Hi-C tekniği kullanılarak elde edilen kromozomal temas verilerini kullanın
- Kromozomal temas verilerinden 3B yapısal genom ve kromozom modelleri oluşturun
- Olasılık yaklaşımı kullanarak koordinatları başlat
- Isı haritası matrisinde memnun kişileri temsil etmek için yeni yöntem
- Uzun menzilli ve kısa menzilli kontakları bulmak için puanlama şemaları
- Mevcut diğer yöntemlerle karşılaştırıldığında ve ayrıca genom özellikleriyle doğrulandı
Seyirci
Bilim/Araştırma, Mühendislik
Programlama dili
C + +
Bu, https://sourceforge.net/projects/gen3d/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.