Bu, en son sürümü ptesfinder_v1.tar.gz olarak indirilebilen PTESFinder adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
PTESFinder adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
PTES Bulucu
AÇIKLAMA:
PTESFinder, yüksek verimli RNAseq verilerinden Transkripsiyon Sonrası Exon Karıştırma olaylarını tanımlamak için kullanılan bir hesaplama hattıdır. PTESFinder, yerleşik RNASeq araçlarının gücünden yararlanır ve özellikle bu yanlış pozitifleri hedeflemek için tasarlanmış katı filtreler uygulayarak bilinen tüm yanlış pozitif yapı sınıflarını sistematik olarak hariç tutar. PTESFinder, genomik bölgelere ve kanonik olarak eklenmiş transkriptlere eşlendiğinde aynı okumaların nitelikleriyle varsayılan PTES yapılarına göre okuma eşlemelerinin hizalama niteliklerini karşılaştırır. Bu yaklaşım, okumaları destekleyen PTES'e olan güveni artırır. Şablon değiştirme olaylarından kaynaklanan okumalar, transkriptome hizalandığında genellikle büyük indeller ile karakterize edilir. PTESFinder, PTES ekzon-ekson bağlantılarının etrafındaki belirsiz hizalamalara sahip okumaları hariç tutmak için ek filtreler kullanır ve bu destekleyici okumalara olan güveni daha da artırır. PTESFinder, yüksek özgüllüğü korurken diğer yayınlanmış yöntemlerden daha fazla PTES yapısı tanımlar.
Seyirci
Bilim araştırması
Kullanıcı arabirimi
Komut satırı
Programlama dili
Unix Kabuk, Java
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/ptesfinder-v1/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.