Bu, en son sürümü CRISPR-offinder-1.zip olarak indirilebilen CRISPR-offinder-v2-1.2 adlı Windows uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
CRISPR-offinder-v1-2 adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden herhangi bir OS OnWorks çevrimiçi öykünücüsünü başlatın, ancak daha iyi Windows çevrimiçi öykünücüsü.
- 5. Yeni başlattığınız OnWorks Windows işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin ve kurun.
- 7. Wine'ı Linux dağıtımları yazılım havuzlarınızdan indirin. Kurulduktan sonra, Wine ile çalıştırmak için uygulamaya çift tıklayabilirsiniz. Ayrıca, popüler Windows programlarını ve oyunlarını yüklemenize yardımcı olacak Wine üzerinden gösterişli bir arayüz olan PlayOnLinux'u da deneyebilirsiniz.
Wine, Windows yazılımını Linux üzerinde çalıştırmanın bir yoludur, ancak Windows gerektirmez. Wine, Windows programlarını doğrudan herhangi bir Linux masaüstünde çalıştırabilen açık kaynaklı bir Windows uyumluluk katmanıdır. Esasen Wine, Windows'a ihtiyaç duymadan tüm bu Windows uygulamalarını çalıştırabilmesi için yeterince Windows'u sıfırdan yeniden uygulamaya çalışıyor.
EKRAN GÖRÜNTÜLERİ:
CRISPR-suçu-v1-2
AÇIKLAMA:
CRISPR/Cas sistemi şüphesiz genom düzenleme için büyük bir potansiyele sahiptir. CRISPR teknolojisiyle hedef alan bölünmesi, sgRNA'nın bağlandığı protospacer öğesinin hemen aşağısında veya yukarısında bir protospacer bitişik motifi (PAM) gerektirir. Bununla birlikte, farklı bakteri veya varyant türlerinden Cas9, farklı PAM dizilerini tanır. Spesifik ve verimli sgRNA tasarımı ile farklı CRISPR sistemlerinin ihtiyaçlarını karşılamak için CRISPR-offinder geliştirildi.
Hedef sitelerin bir giriş FASTA dosyası verildiğinde ve referans genomun yanı sıra tanımlanmış bir aralayıcı uzunluğu ve PAM dizisine sahip bir CRISPR sistemini sorgularsa, bu bağımsız araç varsayılan siteleri tanımlayacak ve tarafından yürütülen destek vektör makine modeline dayalı olarak tahmin edilen bir aktivite atayacaktır. sgRNA Puanlayıcı 2.0. Ek olarak, minimum hedef dışı aktiviteye sahip sgRNA'lar Cas-OFFinder tarafından tahmin edildi ve Hedef Dışı Kesme Frekansı Belirleme (CFD) ile puan aldı.
Özellikler
- CRISPR-offinder, laboratuvar biyoloğuna yüksek kaliteli hedef bölgelerin hızlı ve verimli bir şekilde tanımlanması için bir araç sağlayabilir.
- Bu yazılım, herhangi bir tür için sgRNA kitaplıklarının tasarımında kullanılabilir.
- Zhao ve diğerleri,（2017）CRISPR-offinder: bir CRISPR kılavuzu RNA tasarımı ve kullanıcı tanımlı protospacer bitişik motifi için hedef dışı arama aracı. Uluslararası Biyolojik Bilimler Dergisi
Programlama dili
Perl
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/crispr-offinder-v1-2/ adresinden de alınabilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.