Bu, en son sürümü kSNP4.1-source-code.zip olarak indirilebilen kSNP adlı Windows uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
kSNP adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden herhangi bir OS OnWorks çevrimiçi öykünücüsünü başlatın, ancak daha iyi Windows çevrimiçi öykünücüsü.
- 5. Yeni başlattığınız OnWorks Windows işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin ve kurun.
- 7. Wine'ı Linux dağıtımları yazılım havuzlarınızdan indirin. Kurulduktan sonra, Wine ile çalıştırmak için uygulamaya çift tıklayabilirsiniz. Ayrıca, popüler Windows programlarını ve oyunlarını yüklemenize yardımcı olacak Wine üzerinden gösterişli bir arayüz olan PlayOnLinux'u da deneyebilirsiniz.
Wine, Windows yazılımını Linux üzerinde çalıştırmanın bir yoludur, ancak Windows gerektirmez. Wine, Windows programlarını doğrudan herhangi bir Linux masaüstünde çalıştırabilen açık kaynaklı bir Windows uyumluluk katmanıdır. Esasen Wine, Windows'a ihtiyaç duymadan tüm bu Windows uygulamalarını çalıştırabilmesi için yeterince Windows'u sıfırdan yeniden uygulamaya çalışıyor.
kSNP
AÇIKLAMA:
kSNP4, bir dizi genom dizisindeki pan-genom SNP'lerini tanımlar ve bu SNP'lere dayanarak filogenetik ağaçları tahmin eder. SNP keşfi, k-mer analizine dayanır ve çoklu dizi hizalaması veya referans genom seçimi gerektirmez, dolayısıyla kSNP4, girdi olarak 100'lerce mikrobiyal genomu alabilir. Bir SNP lokusu, merkezi bir SNP alelini çevreleyen k uzunluğunda bir oligo ile tanımlanır. kSNP4, birleştirilmiş bitişik dizilerdeki veya ham, birleştirilmemiş okumalardaki hem tam (bitmiş) genomları hem de tamamlanmamış genomları analiz edebilir. Tamamlanmış ve tamamlanmamış genomlar birlikte analiz edilebilir ve kSNP, tamamlanmış genomların Genbank dosyalarını otomatik olarak indirebilir ve bu dosyalardaki bilgileri SNP açıklamasına dahil edebilir.
KSNP4'ü kullanmak için hiçbir programlama becerisine gerek yoktur
Gardner, SN ve Hall, BG 2013. . PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Gardner, SN, T. Slezak ve BG Hall. 2015 Biyoinformatik 31: 2877-2878 doi: 10.1093/bioinformatics/btv271
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/ksnp/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.