Це команда ampliconnoise, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн- емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
AmpliconNoise – видалення шуму з даних нуклеотидної послідовності з високою пропускною здатністю
Версія
Ця документація відноситься до версії 1.22
СИНТАКСИС
Читати /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz щоб дізнатися більше про те, як бігти.
ОПИС
У комплект входять наступні інструменти. Більшість із них, наприклад, мають еквівалент MPI
SeqNoise має еквівалент SeqNoiseM, який можна використовувати з mpirun.
FastaUnique - видаляє файл fasta
-in рядок введення імені файлу
варіанти:
FCluster
-in відстань рядка введення імені файлу
-заглушка вихідного файлу рядка
варіанти:
-r резолюція
- середня зв'язка
-w використовувати гирі
- Я читаю ідентифікатори
-s масштаб відст.
NDist - попарна матриця відстаней послідовності Нідлмана-Вунша з файлу fasta
-в рядку імені файлу fata
варіанти:
-i вихідні ідентифікатори
Персей - вбиває монстрів
-sin рядок seq ім'я файлу
варіанти:
-файл послідовності посилань на рядок
-а вихідні вирівнювання
-d використовувати дисбаланс
-rin назва файлу пошуку рядка
PyroDist - попарна матриця відстаней від потокограм
-in назва файлу потоку рядків
-out заглушка вивести заглушку файлу
варіанти:
-ni немає індексу у файлі dat
-rin назва файлу пошуку рядка
пірошум - потокограми кластерів без вирівнювань
-din назва файлу потоку рядка
-out рядок вхідного файлу кластера
-lin файл списку рядків
варіанти:
-v багатослівний
-c подвійне початкове відсічення
-ni немає індексу у файлі dat
-s подвійна точність
-rin ім'я файлу пошуку файлу
SeqDist - попарна матриця відстані з файлу fasta
-в рядку швидкого імені файлу
варіанти:
-i вихідні ідентифікатори
-rin назва файлу пошуку рядка
SeqNoise - кластерні послідовності
-в послідовності рядків ім'я файлу
-din рядок, назва файлу матриці відстані
-out рядок вхідного файлу кластера
-lin файл списку рядків
варіанти:
-min файл відображення
-v багатослівний
-c подвійне початкове відсічення
-s подвійна точність
-rin назва файлу пошуку рядка
SplitClusterEven
-din рядок dat ім'я файлу
-min рядок ім'я файлу карти
- ім'я файлу дерева рядків
-s розділений розмір
-м мінімальний розмір
Використовуйте ampliconnoise онлайн за допомогою служб onworks.net