Це команда bp_run_protdist.plp, яку можна запустити в безкоштовному хостинг-провайдері OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
run_neighbor - запустити програму Phylip 'protdist' через Bioperl
СИНТАКСИС
run_protdist [-i вхідний файл] [-o вихідний файл]
ОПИС
Надайте файл вирівнювання для запуску protdist. Файл повинен мати назву .aln або .phy.
Це потрібно, щоб ми могли визначити, чи потрібно нам перетворити вирівнювання clustalw на
Філіп. Ви можете розширити сценарій для роботи в інших форматах MSA, зокрема bioperl
підтримує. Це призначено для використання в дуже простих ручних трубопроводах.
Вхідний файл має бути названий у формі file.phy або file.aln, програма очікує a
файл у формі (\S+)\.(\S+).
Це запустить програму «protdist» за допомогою формули «KIMURA» для створення білка
матриця відстані. Ті, хто має phylip3.6, захочуть внести деякі зміни, якщо захочуть використовувати
JTT. Я радий допомогти додати це як аргумент cmd-рядка, якщо це буде потрібно.
Використовуйте bp_run_protdist.plp онлайн за допомогою служб onworks.net