cleanasn - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

cleanasn - очищення нерівностей в об'єктах NCBI ASN.1

СИНТАКСИС

cleanasn [-] [-A ім'я файлу] [-C вул] [-D вул] [-F вул] [-K вул] [-L ім'я файлу] [-M ім'я файлу]
[-N вул] [-P вул] [-Q вул] [-R] [-S вул] [-T] [-U вул] [-V вул] [-X вул] [-Z вул] [-a вул]
[-b] [-c] [-d вул] [-f вул] [-i ім'я файлу] [-j ім'я файлу] [-k ім'я файлу] [-m вул] [-n шлях]
[-o ім'я файлу] [-p шлях] [-q шлях] [-r шлях] [-v шлях] [-x ext]

ОПИС

cleanasn — це допоміжна програма для усунення нерівностей в об’єктах NCBI ASN.1.

ВАРІАНТИ

Нижче наведено короткий опис варіантів.

- Роздрукувати повідомлення про використання

-A ім'я файлу
Файл зі списком приєднання

-C вул Операції послідовності відповідно до прапорів str:
c Стиснути
d Розпакуйте
v Віртуальні прогалини всередині сегментованої послідовності
s Перетворіть сегментований набір в дельта-послідовність

-D вул Очистіть дескриптори відповідно до прапорів str:
t Видалити заголовок
c Видалити коментар
n Видалити назву набору Nuc-Prot
e Видалити назву Pop/Phy/Mut/Eco Set
m Видалити заголовок мРНК
p Видалити заголовок білка

-F вул Очистити функції відповідно до прапорів у str:
u Видалити User-об'єкти
d Видалити db_xrefs
e Видалити /докази та /висновок
r Видалити зайві зовнішні посилання на гени
f Запобіжник повторюваних функцій
k Регіон кодування пакета або особливості деталей
z Видалити або оновити номери EC

-K вул Виконайте загальне очищення за прапорцями в str:
b BasicSeqEntryCleanup
p C++ BasicCleanup (через зовнішню утиліту)
s SeriousSeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n Нормалізувати порядок дескрипторів
u Видаліть об'єкти користувача NcbiCleanup
c Синхронізувати генетичні коди
d Повторна синхронізація частин CDS
m Ресинхронізувати частки мРНК
t Повторна синхронізація частинок пептидів
a Налаштуйте консенсусний з’єднання
i Підвищити до "найгіршого" Seq-ID

-L ім'я файлу
Файл журналу

-M ім'я файлу
Файл макросу

-N вул Очистіть посилання відповідно до прапорів у str:
o Зв'язуйте мРНК CDS за допомогою перекриття
p Посилання мРНК CDS за продуктом
r Перепризначити ідентифікатори функцій
f Виправити відсутні взаємні ідентифікатори функцій
c Очистити ідентифікатори функцій

-P Варіанти публікації:
a Видалити всі публікації
s Видалити серійний номер
f Видаліть малюнок, нумерацію та назву
r Видалити зауваження
u Оновити публікацію лише для PMID
# Замінити неопублікований на PMID

-Q вул Звіт:
c Кількість записів
r ASN.1 Звіт ЧЕС
s Звіт ASN.1 SSEC
n Звіт NORM проти SSEC
e звіт PopPhyMutEco AutoDef
o Звіт про перекриття
l Різниця між широтою й довготою країни
d Зареєструйте відмінності SSEC
g GenBank SSEC диф
f asn2gb/asn2flat диф
h Диф
v Валідатор SSEC diff
m Модернізувати ген/РНК/ПЛР
u Неопублікований пошук Pub
p Опублікований пошук Pub
j Звіт про неіндексований журнал
x Спеціальне сканування

-R Віддалена вибірка з ідентифікатора (бази даних послідовності NCBI)

-S вул Вибірковий різницевий фільтр (великі літери пропускаються)
s SSEC
b ОЧЕС
Автор
p Публікація
l Розташування
r РНК
q Порядок сортування за кваліфікацією
g Блок Genbank
k Пакет CdRegion або функції частин
m Перемістити публікацію
o Залиште копію публікації Bioseq
d Автоматичний рядок визначення
e Рядок визначення Pop/Phy/Mut/Eco Set

-T Пошук таксономії

-U вул Модернізувати, відповідно до прапорів на str:
g Гени
r РНК
p ПЛР-праймери

-V вул Видалити функції за ступенем серйозності валідатора:
r Відхилити
e Помилка
w Попередження
i Інформація

-X вул Різні параметри, на ряд:
d Автоматичний рядок визначення
e Рядок визначення Pop/Phy/Mut/Eco Set
n Створити заголовок NC
m Створіть екземпляри заголовків NM
x Спеціальні назви XM
p Створіть назви білка
c Створіть мРНК для кодування послідовностей
f Виправити взаємний protein_id/transcript_id

-Z вул Видалити вказаний User-об’єкт

-a вул Тип АСН.1
a Будь-який (за замовчуванням)
e Введення послідовності
b Bioseq
s Набір Bioseq
m Seq-submit
t Пакетна обробка [рядок]

-b Вхід ASN.1 є двійковим

-c Вхід ASN.1 стиснутий

-d вул Вихідна база даних
a Будь-який (за замовчуванням)
g GenBank
e EMBL
d DDBJ
b EMBL або DDBJ
r RefSeq
n NCBI
v Тільки сегментовані послідовності
w Виключити сегментовані послідовності
x Виключити EMBL/DDBJ
y Виключити gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts

-f вул Фільтр підрядка

-i ім'я файлу
Один вхідний файл (за замовчуванням stdin)

-j ім'я файлу
Перша назва файлу

-k ім'я файлу
Остання назва файлу

-m вул Режим Flatfile:
r Звільнення
e Entrez
s Блискавка
d Дамп

-n шлях
asn2flat виконуваний файл (за замовчуванням /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)

-o ім'я файлу
Один вихідний файл (за замовчуванням стандартний вихід)

-p шлях
Обробити всі відповідні файли в шлях

-q шлях
ffdiff виконуваний файл (за замовчуванням /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r шлях
Шлях до результатів

-v шлях
asnval виконуваний файл (за замовчуванням /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x ext Суфікс вибору файлу для використання з -p (за замовчуванням .ent)

Використовуйте cleanasn онлайн за допомогою служб onworks.net