convert_project - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

convert_project - конвертувати типи файлів складання та послідовності

ОПИС

Ця програма є частиною пакету ассемблера MIRA. Використовується для перетворення файлів проекту
типів на інші типи. Будь ласка, перегляньте наведену нижче документацію для більш детальної інформації
інформація про convert_project.

СИНТАКСИС

convert_project
[-f ] [-т [-т ...]] [-aChimMsuZ] [-AcflnNoqrtvxXyz
{...}] {infile} {outfile} [ ...]

ВАРІАНТИ

-f
завантажте цей тип файлів проекту, де fromtype:

caf повна збірка або окремі послідовності з CAF

maf повну збірку або окремі послідовності з CAF

Послідовності fasta з файлу FASTA

fastq послідовності з файлу FASTQ

gbf послідовності з файлу GBF

phd послідовності з файлу PHD

fofnexp
послідовності у файлах EXP з файлу імен файлів

-t
запишіть послідовності/збірки до цього типу (кілька згадок -t дозволені):

ace послідовності або повна збірка в ACE

caf послідовності або повне складання в CAF

maf послідовності або повна збірка в MAF

sam повна збірка до SAM

samnbb, як вище, але без посилання (основи) у збірках відображення

gbf послідовності або консенсус щодо GBF

консенсус gff3 щодо GFF3

Інформацію про охоплення складання перуки у файл wiggle

gcwig збірка gc інформація про вміст для файлу wiggle

Послідовності fasta або консенсус до файлу FASTA (якості до

.qual)

fastq послідовності або консенсус до файлу FASTQ

exp послідовності або повне складання в файли EXP

каталогів. Повні збірки підходять для імпорту gap4 за інструкцією.
Примітка: однак рекомендується використовувати caf2gap для імпорту в gap4

текст повне складання до вирівнювання тексту (тільки коли -f is

caf, maf або gbf)

html повне складання в HTML (тільки коли -f є caf, maf або

gbf)

tcs повна збірка до tcs

hsnp оточення тегів SNP (SROc, SAOc, SIOc) до HTML (лише коли -f є caf, maf або
gbf)

asnp аналіз тегів SNP (тільки коли -f це caf, maf або gbf)

cstats файл статистики contig, як із MIRA (тільки якщо джерело містить контиги)

crlist contig файл списку читання, як з MIRA (тільки якщо джерело містить контиги)

maskedfasta
зчитує, де вектор послідовності замаскований (з X) у файл FASTA (якості до
.qual)

scaf-послідовності або повне складання в окремі послідовності CAF

-a Додати до цільових файлів замість перезапису

-A
Рядок із параметрами MIRA для аналізу. Корисно під час налаштування параметрів, що впливають
консенсус називає як -CO:mrpg тощо. Наприклад: -a "454_НАЛАШТУВАННЯ -CO:mrpg=3"

-b Сліпі дані Замінює всі бази в читаннях/контигах на 'c'

-C Виконувати жорсткий кліп до читання Під час читання форматів, які визначають точки відсікання, буде

зберегти лише невідрізану частину у файлі результату.

Застосовується лише до файлів/форматів, які не містять

контиги.

-d Видалити лише стовпці проміжків Якщо вихід є contigs: видалити стовпці, які є

повністю прогалини (наприклад, після видалення прочитань під час редагування в gap4 або подібних)

Коли вихід читається: видаліть прогалини в читаннях

-F Фільтр для читання груп Особливий варіант використання, поки не використовуйте.

-m Зробіть контиги (тільки для -t = caf або maf) Вкладіть одиночне читання як контиг синглетів
файл CAF/MAF.

-n
якщо дано, вибирає лише читання або контиги, задані за іменем у цьому файлі.

-i коли -n використовується, інвертує виділення

-o Зміщення якості fastq (лише для -f = 'fastq') Зміщення значень якості в FASTQ
файл. За замовчуванням 0 намагається автоматично розпізнати.

-Q
Встановити якість за замовчуванням для базових типів файлів без значень якості
не зупинятися, якщо відсутні файли очікуваної якості (наприклад, '.fasta')

-R
Перейменуйте контиги/синглети/читання з заданим рядком імені, до якого є лічильник
додається. Відома помилка: створить повторювані імена при введенні

містить контиги/синглети, а також вільне читання, тобто читає не в контигах ні
синглети.

-S
(ім'я) Схема для перейменування читання, важлива для парних кінців. Тільки "solexa" є
наразі підтримується.

Команда після перемикачі робота тільки коли вхід (CAF or MAF) містить контиги.
Обережно: CAF і MAf також можуть містити лише читання.

-M Не витягуйте контиги (або їх консенсус), але послідовність зчитування, яку вони представляють
складається з.

-N
як -n, але сортує вихідні дані відповідно до порядку, зазначеного у файлі.

-r [cCqf]
Перерахуйте значення консенсусу та/або консенсусних значень якості та/або тегів функцій SNP.
'c' recalc мінуси та мінуси якості (з IUPAC) 'C' перерахунок мінуси та мінуси якості
(примусове використання не IUPAC) 'q' перерахунок консенсусних якостей тільки 'f' перерахунок характеристик SNP
Примітка: лише останній із cCq має значення, f працює як a

перемикач і може комбінуватися з cQq (наприклад, "-r C -r е")

Примітка: якщо CAF/MAF містить кілька штамів, перерахунок мінусів і мінусів
якості вимушені, ви

може просто вплинути на те, використовуються IUPAC чи ні.

-s розділити вихід на кілька файлів замість створення одного файлу

-u «заповнити геноми штаму» Заповніть дірки в геномі одного штаму (N або @) за допомогою
послідовність з консенсусу інших штамів Набирає чинності тільки при -r та -t gbf або
fasta/q у FASTA/Q: заповнені бази вводяться з нижнього регістру в GBF: заповнені бази є
у верхньому регістрі

-q
Визначає мінімальну якість, яку має мати консенсусна основа штаму, консенсусні основи
нижче буде 'N' За замовчуванням: 0 Використовується лише з -r та -f є caf/maf і -t is
(швидка

або gbf)

-v Роздрукуйте номер версії та вийдіть

-x
Мінімальний контиг або довжина зчитування Під час завантаження відкиньте всі контиги/зчитування за допомогою a
довжина менше цього значення. За замовчуванням: 0 (=вимкнено) Примітка: не застосовується до читання
в контигах!

-X
Як і в -x але застосовується лише до читання, а потім до обрізаної довжини.

-y
Мінімальне середнє покриття контигів Під час завантаження відкиньте всі контиги із середнім значенням
охоплення менше цього значення. За замовчуванням: 1

-z
Мінімальна кількість читань у contig Під час завантаження відкиньте всі контиги з номером
з читань менше цього значення. За замовчуванням: 0 (= вимкнено)

-l
при виведенні у вигляді тексту або HTML: кількість основ, показана в одному рядку вирівнювання. За замовчуванням:
60.

-c
при виведенні у вигляді тексту або HTML: символ, що використовується для заповнення пропусків. За замовчуванням: ' ' (пусто)

Псевдоніми: caf2html, exp2fasta, ... тощо. Будь-яка комбінація " 2 "
можна використовувати як назву програми (також за допомогою посилань), щоб convert_project автоматично
Набори -f та -t відповідно.

ПРИКЛАДИ

convert_project source.maf dest.sam

convert_project source.caf dest.fasta wig ace

convert_project -x 2000 -y 10 source.caf dest.caf

caf2html -l 100 -c . джерело.caf дест

Використовуйте convert_project онлайн за допомогою служб onworks.net