Це команда fastaq-filter, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
fastaq_filter - Відфільтруйте послідовності, щоб отримати їх підмножину
ОПИС
використання: fastaq_filter [параметри]
Фільтрує файл послідовності за довжиною послідовності та/або за назвою, що відповідає регулярному виразу
позиційний аргументи:
infile Ім'я вхідного файлу для фільтрації
вихідний файл
Ім'я вихідного файлу
необов'язковий аргументи:
-h, --допомога
показати це повідомлення довідки та вийти
--min_length INT
Мінімальна довжина послідовності [0]
--максимальна_довжина INT
Максимальна довжина послідовності для збереження [inf]
--регулярний вираз REGEX
Якщо вказано, зберігатимуться лише читання з іменем, що відповідає регулярному виразу
--ids_файл ФІЛЕНАМ
Якщо вказано, використовуватимуться лише читання, ідентифікатор яких міститься в цьому файлі. Один ідентифікатор на рядок
файлу.
-v, --інвертувати
Зберігайте лише послідовності, які не відповідають фільтрам
мате файл та цінності зчитування пар опції:
--mate_in ФІЛЕНАМ
Ім'я вхідного файлу партнерів. Якщо використовується, також необхідно надати --mate_out
--mate_out ФІЛЕНАМ
Ім'я вихідного файлу партнерів
--both_mates_pass
За замовчуванням, якщо будь-який з партнерів проходить фільтр, то обидва зчитують вихідні дані. Використовуйте цей прапор, щоб
вимагають, щоб обидва зчитування пари проходили фільтр
Використовуйте fastaq-filter онлайн за допомогою служб onworks.net