gff2ps - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gff2ps - створює графічний вихід PostScript з GFF-файлів.

СИНТАКСИС

gff2ps [параметри] -- gff_files

ОПИС

Ця програма малює кольорові DotPlots із файлів із полями даних у форматі gff. The
програма приймає як вхідні дані анотовані ознаки геномної послідовності у форматі GFF, і
створює візуальний вихід у PostScript.

ВАРІАНТИ

-h Показати підсумок варіантів.

-H
Показує лише довідку для вказаного параметра.

-V Детальний режим, повний звіт надсилається зі стандартною помилкою (за замовчуванням надсилається лише
Попередження).

-v Тихий режим: вимкнути всі попередження, повідомлення про стандартну помилку не надсилатимуться.

-d Запишіть (або перепишіть, якщо існує) настроюваний файл за замовчуванням.

-D
Створіть новий настроюваний файл за замовчуванням із вказаною назвою файлу.

-C
Завантажте вказаний власний файл і додайте до користувацького файлу за замовчуванням (.gff2psrc).

-s
Корисно для зміни розміру сторінки (за замовчуванням — a4).

-p Змінює орієнтацію сторінки на книжкову (за замовчуванням – альбомну).

-G
Встановлює колір для ПЕРЕДНЬОГО ПЛАНУ (за замовчуванням чорний).

-g
Встановлює колір для ФОНУ (за замовчуванням – білий).

-P <#> Встановлює кількість сторінок, потрібних для розділення результату (за замовчуванням одна).

-S <#> Збільшити перший нуклеотид (за замовчуванням це початок послідовності).

-E <#> Збільшити останній нуклеотид (за замовчуванням довжина послідовності).

-B <#> Встановлює блоки на сторінку (за замовчуванням один).

-N <#> Встановлює нуклеотиди на рядок (за замовчуванням це найбільша позиція послідовності з вхідних даних gff-
файли).

-b Блокує зліва направо та зверху вниз (за замовчуванням спочатку зверху вниз).

-L Вимкніть Заголовок (область заголовка).

-T
Визначення заголовка (за замовчуванням вводиться назва файлу gff).

-t
Визначення субтитрів (за замовчуванням немає).

-l Не показує нумерацію сторінок.

-O Не показує дату.

-o Не показує час.

-M <#> Кількість основних позначок на рядок (за замовчуванням 10).

-K <#> Шкала головних позначок у нуклеотидах, за замовчуванням довжина нуклеотидів для ліній
поділений на число головних позначок (див. опцію -T).

-m <#> Кількість другорядних позначок між основними позначками (за замовчуванням 10).

-k <#> Шкала малих позначок у нуклеотидах за замовчуванням — це розмір основних позначок, поділений на
другорядний номер галочки (див. параметр -t).

-w, -f Вимкніть відображення елементів Watson.

-c, -r Вимкніть відображення елементів реверсивних ниток (Крік).

-i Вимкніть відображення незалежних елементів.

-0
Встановлює колір для кадру "0" (за замовчуванням синій).

-1 Встановлює колір для рамки «1» (за замовчуванням червоний).

-2 Встановлює колір для рамки «2» (за замовчуванням зелений).

-3 Встановлює колір для рамки "." (за замовчуванням оранжевий).

-n Вимкніть мітки для позицій елементів.

-a Вимкніть рядок CopyRight на сюжеті.

НАВКОЛИШНЄ СЕРЕДОВИЩЕ ЗМІННІ

Є три змінні навколишнього середовища, які користувачі можуть налаштувати відповідно до своїх уподобань:

+ Ви можете вказати шлях, де GFF2PS може знаходити типові файли з оболонкою
змінна "GFF2PS_CFDIR". Значенням за замовчуванням є шлях, де ви запускаєте GFF2PS.
+ Ви також можете визначити користувацьку назву файлу за замовчуванням за допомогою змінної
"GFF2PS_CUSTOMFILE", ім'я програмного файлу за замовчуванням для спеціального файлу - ".gff2psrc".
+ GFF2PS потрібно записати кілька тимчасових файлів у каталог із дозволами для поточного
користувач для читання та запису. Типовий шлях до тимчасового каталогу встановлено на "/ tmp /"але ти можеш
призначити інший шлях до тимчасового каталогу за допомогою змінної "GFF2PS_TMP".

Встановлення цих змінних у Bourne-shell (bash):
експорт GFF2PS_CFDIR="шлях"
експорт GFF2PS_CUSTOMFILE="назва_файлу"
експорт GFF2PS_TMP="шлях"

Використання C-Shell (csh):
setenv GFF2PS_CFDIR "шлях"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "назва_файлу"
setenv GFF2PS_TMP "шлях"

КОМЕНТАРІ

* Визначені кольори:
Основні кольори: чорний білий
Змінні кольори: сірий, пурпурний, фіолетовий, блакитний, блакитний, блакитний, зелений, зелений, салатовий, жовтий
помаранчевий червоний коричневий
Ви можете отримати п’ять колірних відтінків із Variable Colors: «дуже темний», «темний», «світлий» і
"дуже легкі" префікси. Приклад: дуже темно-зелений темно-зелений морський зелений світло-зелений
дуже світло-морсько-зелений

* Визначено такі розміри сторінки:
Від A0 до A10, від B0 до B10, 10x14, виконавчий, фоліо, бухгалтерська книга, юридичний, лист, кварто,
заява та таблоїд.

Використовуйте gff2ps онлайн за допомогою сервісів onworks.net