gmx-tcaf - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmx-tcaf - Розрахунок в'язкості рідин

СИНТАКСИС

gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-от [<.xvg>]] [-оа [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-оф [<.xvg>]]
[-ок [<.xvg>]] [-ов [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ні]ж] [-xvg ] [-[ні]мол] [-[ні]k34]
[-мас ] [-акфлен ] [-[ні]нормалізувати] [-P ]
[-fitfn ] [-початок ] [- Endfit ]

ОПИС

gmx tcaf обчислює автокореляції поперечного струму. Вони використовуються для оцінки
зсувна в'язкість, ета. Детальніше див.: Palmer, Phys. Rev. E 49 (1994) стор. 359-366.

Поперечні струми розраховуються за допомогою k-векторів (1,0,0) і (2,0,0) кожен також у
y- І z-напрямку, (1,1,0) і (1,-1,0) кожен також у двох інших площинах (ці
вектори не є незалежними) і (1,1,1) і 3 інші діагоналі прямокутника (також ні
незалежний). Для кожного k-вектора використовуються синус і косинус у поєднанні з
швидкість у 2 перпендикулярних напрямках. Це дає 16*2*2=64 поперечних
течії. Для кожного k-вектора обчислюється одна автокореляція, яка дає 16
TCAF. Кожна з цих TCAF пристосовується до f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)), v = -t/(2
tau), W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2), що дає 16 значень tau та eta. Підгонка
вагові коефіцієнти спадають експоненціально з постійною часу w (наведено з -мас) як exp(-t/w), і
TCAF і підгонка розраховуються до часу 5*w. Значення eta повинні бути підігнані до 1 - a
eta(k) k^2, звідки можна оцінити зсувну в’язкість при k=0.

Коли ящик кубічний, можна використовувати опцію -ок, що усереднює TCAF за всіма
k-векторів однакової довжини. Це призводить до більш точних TCAF. Обидва куб
TCAF і підходи записуються -ок Оцінки кубічної ета також записуються -ов.

З опцією -мол, поперечний струм визначається молекулами, а не атомами. в
у цьому випадку група індексів повинна складатися з номерів молекул замість номерів атомів.

K-залежні в'язкості в -ов файл має бути підігнаний до eta(k) = eta_0 (1 - a k^2)
щоб отримати в'язкість на нескінченній довжині хвилі.

Примітка: переконайтеся, що ви досить часто записуєте координати та швидкості. початковий,
неекспоненціальна, частина автокореляційної функції дуже важлива для отримання a
гарна підгонка.

ВАРІАНТИ

Параметри для визначення вхідних файлів:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Повна точна траєкторія: трр рахувати тнг

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Необов'язково)
Структура + маса (дБ): тпр гро g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл

Параметри для визначення вихідних файлів:

-от [<.xvg>] (transcur.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-оа [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
файл xvgr/xmgr

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
файл xvgr/xmgr

-оф [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
файл xvgr/xmgr

-ок [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

-ов [<.xvg>] (visc_k.xvg)
файл xvgr/xmgr

Інші варіанти:

-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії

-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії

-dt (0)
Використовуйте кадр лише тоді, коли t MOD dt = перший раз (ps)

-[ні]ж (немає)
Переглянути вихід .xvg, .xpm, .eps та .pdb файли

-xvg
Форматування графіка xvg: xmgrace, xmgr, немає

-[ні]мол (немає)
Розрахувати TCAF молекул

-[ні]k34 (немає)
Також використовуйте k=(3,0,0) і k=(4,0,0)

-мас (5)
Експоненціальний час спаду для вагових коефіцієнтів TCAF

-акфлен (-1)
Довжина ACF за замовчуванням дорівнює половині кількості кадрів

-[ні]нормалізувати (так)
Нормалізувати АКФ

-P (0)
Порядок полінома Лежандра для ACF (0 означає відсутність): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Ні)
Функція відповідності: немає, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-початок (0)
Час, з якого починається експоненціальна підгонка кореляційної функції

- Endfit (-1)
Час, коли закінчиться експоненціальна підгонка кореляційної функції, -1 до моменту
кінець

Використовуйте gmx-tcaf онлайн за допомогою сервісів onworks.net