hhalign - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

hhalign - вирівняти вирівнювання запиту/HMM до вирівнювання шаблону/HMM

СИНТАКСИС

hhalign -i запит [-t шаблон] [опції]

ОПИС

HHalign версія 2.0.16 (січень 2013 р.) Вирівнювання запиту/HMM за шаблоном
вирівнювання/HMM за HMM-HMM вирівнювання Якщо вказано лише одне вирівнювання/HMM, його порівнюють з
і найкраще недіагональне вирівнювання плюс усі подальші вирівнювання без перекриття
показані вище порогові значення. Реммерт М., Бігерт А., Хаузер А., Содінг Дж.
HHblits: блискавичний ітераційний пошук послідовності білків за вирівнюванням HMM-HMM. Нац.
Методи 9:173-175 (2011). (C) Йоганнес Зодінг, Майкл Реммерт, Андреас Бігерт, Андреас
Хаузер

-i
вирівнювання вхідного запиту (fasta/a2m/a3m) або файл HMM (.hhm)

-t
вирівнювання шаблону введення (fasta/a2m/a3m) або файл HMM (.hhm)

Вихід опції:
-o
записати вирівнювання виводу у файл

-офас
записати вирівнювання у FASTA, A2M (-оа2м) або A3M (-оа3м) формат

-Оа3м
записати вирівнювання запиту у форматі a3m у файл (за замовчуванням = немає)

-Аа3м
додати вирівнювання запиту у форматі a3m до файлу (за замовчуванням = немає)

-атаб
записати вирівнювання як таблицю (з задньою частиною) у файл (за замовчуванням = немає)

-індекс використовувати задане вирівнювання для обчислення оцінки Вітербі (за замовчуванням = немає)

-v
докладний режим: 0: немає виводу на екран 1: тільки попередження 2: докладно

-посл [1,inf[ макс. кількість відображених послідовностей запиту/шаблу (def=1)

-нокони
не показувати консенсусну послідовність у вирівнюваннях (за замовчуванням=показати)

-нопред
не показувати передбачену другу структуру у вирівнюваннях (за замовчуванням=показати)

-киває
не показувати 2ndary структуру DSSP у вирівнюваннях (за замовчуванням=показати)

-ssconf
показати впевненість для передбаченої 2-х структурної структури у вирівнюваннях

- aliw Int
кількість стовпців на рядок у списку вирівнювання (def=80)

-P
для самостійного порівняння: максимальне p-значення вирівнювань (def=0.001

-p
мінімальна ймовірність у підсумку та списку вирівнювання (def=0)

-E
максимальне значення E в підсумку та списку вирівнювання (def=1E+06)

-Z
максимальна кількість рядків у підсумковому списку звернень (def=100)

-z
мінімальна кількість рядків у підсумковому списку звернень (def=1)

-B
максимальна кількість вирівнювань у списку вирівнювань (def=100)

-b
мінімальна кількість вирівнювань у списку вирівнювань (def=1)

- ранг Int
вкажіть ранг вирівнювання для запису -Оа3м or -Аа3м параметр (за замовчуванням=1)

Фільтр вхід вирівнювання (варіанти може be комбінований):
-ідентифікатор [0,100] максимальна ідентичність парної послідовності (%) (def=90)

-різн [0,inf[ фільтрує найрізноманітніший набір послідовностей, зберігаючи принаймні це

багато послідовностей у кожному блоці >50 стовпців (def=100)

-cov [0,100] мінімальне покриття із запитом (%) (def=0)

-qid [0,100] мінімальна ідентичність послідовності із запитом (%) (def=0)

-qsc [0,100] мінімальний бал за стовпець із запитом (def=-20.0)

вхід вирівнювання формат:
-M a2m використовувати A2M/A3M (за замовчуванням): верхній регістр = відповідність; нижній регістр = Вставка; '-' = Видалити; '.' =
зазори, вирівняні зі вставками (можуть бути пропущені)

-M перший
використовуйте FASTA: стовпці із залишком у 1-й послідовності є відповідними станами

-M [0,100]
використовуйте FASTA: стовпці з пробілами менше ніж X% є станами відповідності

ХММ-ХММ вирівнювання опції:
-глоб/-loc
глобальний або локальний режим вирівнювання (def=local)

-альт
показати до цієї кількості альтернативних вирівнювань (def=1)

-переставити
вирівняти відображені звернення з макс. алгоритм точності (MAC).

-noreign
НЕ перерівнювати відображені звернення за алгоритмом MAC (def=reign)

-mac [0,1[
задній поріг ймовірності для вирівнювання MAC (def=0.350) Порогове значення
0.0 дає глобальне вирівнювання.

-сто
використовувати глобальний алгоритм стохастичної вибірки для вибірки такої кількості вирівнювань

-без виключити позиції запиту з вирівнювання, наприклад '1-33,97-168'

-зміна [-1,1] зміщення балів (def=-0.030)

-кор [0,1]
вага терміна для парних кореляцій (def=0.10)

-ссм 0-4 0: немає оцінок ss [за замовчуванням=2]

1:ss оцінка після вирівнювання 2:ss оцінка під час вирівнювання

-ssw [0,1] вага оцінки ss (def=0.11)

-зах прочитати параметри за замовчуванням з ./.hhdefaults або /.hhdefault.

Приклад: hhalign -i T0187.a3m -t d1hz4a_.hhm - PNG T0187pdb.png

Вихід опції:
-o
записати вирівнювання виводу у файл

-офас
записати вирівнювання у FASTA, A2M (-оа2м) або A3M (-оа3м) формат

-Оа3м
записати вирівнювання запиту у форматі a3m у файл (за замовчуванням = немає)

-Аа3м
додати вирівнювання запиту у форматі a3m до файлу (за замовчуванням = немає)

-атаб
записати вирівнювання як таблицю (з задньою частиною) у файл (за замовчуванням = немає)

-v
докладний режим: 0: немає виводу на екран 1: тільки попередження 2: докладно

-посл [1,inf[ макс. кількість відображених послідовностей запиту/шаблу (def=1)

-нокони
не показувати консенсусну послідовність у вирівнюваннях (за замовчуванням=показати)

-нопред
не показувати передбачену другу структуру у вирівнюваннях (за замовчуванням=показати)

-киває
не показувати 2ndary структуру DSSP у вирівнюваннях (за замовчуванням=показати)

-ssconf
показати впевненість для передбаченої 2-х структурної структури у вирівнюваннях

- aliw Int
кількість стовпців на рядок у списку вирівнювання (def=80)

-P
для самостійного порівняння: максимальне p-значення вирівнювань (def=0.001

-p
мінімальна ймовірність у підсумку та списку вирівнювання (def=0)

-E
максимальне значення E в підсумку та списку вирівнювання (def=1E+06)

-Z
максимальна кількість рядків у підсумковому списку звернень (def=100)

-z
мінімальна кількість рядків у підсумковому списку звернень (def=1)

-B
максимальна кількість вирівнювань у списку вирівнювань (def=100)

-b
мінімальна кількість вирівнювань у списку вирівнювань (def=1)

- ранг Int
вкажіть ранг вирівнювання для запису -Оа3м or -Аа3м параметр (за замовчуванням=1)

-tc
напишіть файл бібліотеки TCoffee для попарного порівняння

-tct [0,100]
хв. ймовірність пар залишків для TCoffee (def=5%)

Опції до фільтрувати вхід вирівнювання (варіанти може be комбінований):
-ідентифікатор [0,100] максимальна ідентичність парної послідовності (%) (def=90)

-різн [0,inf[
фільтрувати найрізноманітніший набір послідовностей, зберігаючи принаймні стільки послідовностей у кожній
блок >50 стовпців (def=100)

-cov [0,100] мінімальне покриття із запитом (%) (def=0)

-qid [0,100] мінімальна ідентичність послідовності із запитом (%) (def=0)

-qsc [0,100] мінімальний бал за стовпець із запитом (def=-20.0)

HMM-будівля опції:
-M a2m використовувати A2M/A3M (за замовчуванням): верхній регістр = відповідність; нижній регістр = Вставка; '-' = Видалити; '.' =
зазори, вирівняні зі вставками (можуть бути пропущені)

-M перший
використовуйте FASTA: стовпці із залишком у 1-й послідовності є відповідними станами

-M [0,100]
використовуйте FASTA: стовпці з пробілами менше ніж X% є станами відповідності

- теги НЕ нейтралізуйте His-, C-myc-, FLAG-мітки та послідовність розпізнавання трипсину, щоб
фоновий розподіл

Псевдоліч (ПК) опції:
-pcm 0-2 залежність від позиції ПК домішки 'tau' (режим комп'ютера, за замовчуванням=2)

0: без псевдорахунку:
тау = 0

1: постійний
тау = а

2: залежить від різноманітності: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: кількість
ефективні послідовності в локальному MSA навколо стовпця i) 3: псевдорахунки постійного різноманіття

-pca [0,1] загальна домішка псевдорахунку (def=1.0)

-друкована плата [1,inf[ Порогове значення Neff для -pcm 2 (def=1.5)

- PCC [0,3] показник екстинкції c для -pcm 2 (def=1.0)

-pre_pca [0,1]
Псевдолічильна домішка PREFILTER (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ ПЕРЕДФІЛЬТР ПОРТІГ для Neff (def=1.8)

Контекстний псевдорахунки:
-nocontxt
використовувати матрицю підстановки замість контекстно-специфічних псевдолічильників

-contxt контекстний файл для обчислення контекстно-специфічних псевдолічильників
(за замовчуванням=./data/context_data.lib)

-cslib
файл стану стовпця для швидкої попередньої фільтрації бази даних (за замовчуванням=./data/cs219.lib)

Gap коштувати опції:
-gapb [0,inf[
Перехідна псевдолічильна домішка (def=1.00)

-гапд [0,inf[
Перехідна псевдолічильна домішка для відкритого зазору (за замовчуванням=0.15)

- роззяв [0,1.5]
Перехідна псевдолічильна домішка для розширення зазору (def=1.00)

- gapf ]0,inf]
коефіцієнт збільшення/зменшення штрафу за відкриття пробілу для видалення (def=0.60)

- gapg ]0,inf]
коефіцієнт збільшення/зменшення штрафу за відкритий проміжок для вставок (def=0.60)

-розрив ]0,inf]
коефіцієнт збільшення/зменшення штрафу за розширення розриву за видалення (def=0.60)

-гапі ]0,inf]
коефіцієнт збільшення/зменшення штрафу за розширення розриву для вставок (def=0.60)

-egq [0,inf[ штраф (біти) для кінцевих проміжків, вирівняних до залишків запиту (def=0.00)

-напр [0,inf[ штраф (біти) за кінцеві зазори, вирівняні за залишками шаблону (def=0.00)

Вирівнювання опції:
-глоб/-loc
глобальний або локальний режим вирівнювання (def=global)

-Мак використовуйте вирівнювання з максимальною точністю (MAC) замість Viterbi

-mac [0,1]
задній пробний поріг для вирівнювання MAC (def=0.350)

-сто
використовувати глобальний алгоритм стохастичної вибірки для вибірки такої кількості вирівнювань

-sc оцінка амінокислот (tja: шаблон HMM у стовпці j) (def=1)

0 = log2 Sum(tja*qia/pa) (pa: аа фонові частоти)

1 = log2 Сума(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta) )

2 = log2 Sum(tja*qia/ta) (ta: середня частота aa у шаблоні)

3 = log2 Sum(tja*qia/qa) (qa: середня частота aa у запиті)

-кор [0,1]
вага терміна для парних кореляцій (def=0.10)

-зміна [-1,1]
зміщення балів (def=-0.030)

-r повторна ідентифікація: численні звернення не розглядаються як незалежні

-ссм 0-2 0: немає оцінок ss [за замовчуванням=2]

1:ss оцінка після вирівнювання 2:ss оцінка під час вирівнювання

-ssw [0,1] вага оцінки ss порівняно з оцінкою стовпця (def=0.11)

-сса [0,1] ss матриця плутанини = (1-ssa)*I + ssa*psipred-confusion-matrix [def=1.00)

- спокійний 0-3
емпірична оцінка калібрування 0:запит 1:шаблон 2:обидва (def=off)

Параметри за замовчуванням можна вказати в './.hhdefaults' або '~/.hh за замовчуванням'

Використовуйте hhalign онлайн за допомогою служб onworks.net