hhblits - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

hhblits - швидкий метод виявлення гомології для ітеративного пошуку в базі даних HMM

СИНТАКСИС

hhblits -i запит [опції]

ОПИС

HHblits версія 2.0.16 (січень 2013 р.): блискавична ітераційна послідовність на основі HMM-HMM
search HHblits — це чутливий інструмент загального призначення ітераційної послідовності, який
представляє послідовності запитів і бази даних HMM. Ви можете здійснювати пошук у базах даних HHblits
починаючи з однієї послідовності запитів, вирівнювання кількох послідовностей (MSA) або HMM.
HHblits друкує ранжований список баз даних HMM/MSA, а також може створити MSA за допомогою
об'єднання значущих баз даних HMM/MSA в запит MSA.

Реммерт М., Бігерт А., Хаузер А. та Содінг Дж. Х. Х. Бліц: блискавична ітерація
пошук послідовності білка за вирівнюванням HMM-HMM. Нац. Методи 9:173-175 (2011) (C)
Йоганнес Зодінг, Майкл Реммерт, Андреас Бігерт, Андреас Хаузер

-i
введення/запит: вирівнювання однієї або кількох послідовностей (MSA) в a3m, a2m або
Формат FASTA або HMM у форматі hhm

може мати значення "stdin" або "stdout".

ВАРІАНТИ

-d
назва бази даних (наприклад, uniprot20_29Feb2012) (за замовчуванням=)

-n [1,8] кількість ітерацій (за замовчуванням=2)

-e [0,1] Обрізання E-значення для включення в вирівнювання результатів (def=0.001)

вхід вирівнювання формат:
-M a2m використовувати A2M/A3M (за замовчуванням): верхній регістр = відповідність; нижній регістр = Вставка;

' -' = Видалити; '.' = зазори, вирівняні за вставками (може бути пропущено)

-M перший
використовуйте FASTA: стовпці із залишком у 1-й послідовності є відповідними станами

-M [0,100]
використовуйте FASTA: стовпці з пробілами менше ніж X% є станами відповідності

Вихід опції:
-o
записати результати у стандартному форматі у файл (за замовчуванням= )

-оа3м
записати результат MSA зі значущими збігами у форматі a3m

-опсі
записати результат MSA значущих збігів у форматі PSI-BLAST

-охм
записати файл HHM для результату MSA значущих збігів

-оаліс
записувати MSA у форматі A3M після кожної ітерації

-Офас
записувати попарні вирівнювання значущих збігів у форматі FASTA Аналог для
виведення у форматі a3m і a2m (наприклад -Оа3м)

-кхм
записати вхідний файл HHM для запиту останньої ітерації (за замовчуванням=вимкнено)

-посл
макс. кількість відображених послідовностей запитів/шаблнів (за замовчуванням=1)

- aliw
кількість стовпців на рядок у списку вирівнювання (за замовчуванням=80)

-p [0,100]
мінімальна ймовірність у підсумку та списку вирівнювання (за замовчуванням=20)

-E [0,inf[
максимальне значення E в підсумку та списку вирівнювання (за замовчуванням=1E+06)

-Z
максимальна кількість рядків у підсумковому списку звернень (за замовчуванням=500)

-z
мінімальна кількість рядків у підсумковому списку звернень (за замовчуванням=10)

-B
максимальна кількість вирівнювань у списку вирівнювань (за замовчуванням=500)

-b
мінімальна кількість вирівнювань у списку вирівнювань (за замовчуванням=10)

Параметри попереднього фільтра

-без попереднього фільтрування
вимкнути всі етапи фільтрації

-noaddfilter
вимкнути всі кроки фільтрації (крім швидкої попередньої фільтрації)

-nodbfilter
вимкнути додаткову фільтрацію попередньо відфільтрованих HMM

-noblockfilter пошук повної матриці у Вітербі

-максфільт
максимальна кількість звернень, дозволених пройти 2-й попередній фільтр (за замовчуванням=20000)

Параметри фільтра застосовуються до запиту MSA, MSA бази даних і MSA результатів

-всі показати всі послідовності в результаті MSA; не фільтруйте результат MSA

-ідентифікатор [0,100] максимальна ідентичність парної послідовності (def=90)

-різн [0,inf[
фільтруйте MSA, вибираючи найрізноманітніший набір послідовностей, зберігаючи принаймні таку кількість
seqs у кожному блоці MSA довжиною 50 (def=1000)

-cov [0,100] мінімальне покриття з основною послідовністю (%) (def=0)

-qid [0,100] мінімальна ідентичність послідовності з головною послідовністю (%) (def=0)

-qsc [0,100] мінімальний бал за колонку з основною послідовністю (за замовчуванням=-20.0)

-нефф [1,inf]
цільова різноманітність вирівнювання кількох послідовностей (за замовчуванням=вимкнено)

ХММ-ХММ вирівнювання опції:
-noreign
НЕ перерівнювати відображені звернення за алгоритмом MAC (def=reign)

-mac [0,1[
задній поріг ймовірності для повторного вирівнювання MAC (def=0.350) Контроль параметрів
жадібність вирівнювання: 0:глобальна >0.1:локальна

-глоб/-loc
використовувати глобальний/локальний режим вирівнювання для пошуку/ранжування (def=local)

-realign_max
перевирівняти макс. звернення (за замовчуванням=1000)

-альт
показати до цього багато значущих альтернативних вирівнювань (def=2)

-prergege злитися звернення для запиту MSA перед вирівнюванням решти звернень (def=3)

-зміна [-1,1]
зміщення балів профілю-профілю (def=-0.03)

-ссм {0,..,4}
0: немає оцінки ss 1,2: оцінка ss після або під час вирівнювання [за замовчуванням=2] 3,4: ss
оцінка після або під час вирівнювання, прогнозований та прогнозований

-ssw [0,1]
вага оцінки ss (def=0.11)

Gap коштувати опції:
-gapb [0,inf[
Перехідна псевдолічильна домішка (def=1.00)

-гапд [0,inf[
Перехідна псевдолічильна домішка для відкритого зазору (за замовчуванням=0.15)

- роззяв [0,1.5]
Перехідна псевдолічильна домішка для розширення зазору (def=1.00)

- gapf ]0,inf]
коефіцієнт збільшення/зменшення штрафу за відкриття пропуску за видалення (def=0.60)

- gapg ]0,inf]
коефіцієнт збільшення/зменшення штрафу за відкритий проміжок для вставок (def=0.60)

-розрив ]0,inf]
коефіцієнт збільшення/зменшення розриву подовжує штраф за видалення (def=0.60)

-гапі ]0,inf]
коефіцієнт збільшення/зменшення штрафу за розширення розриву для вставок (def=0.60)

-egq [0,inf[ штраф (біти) для кінцевих проміжків, вирівняних до залишків запиту (def=0.00)

-напр [0,inf[ штраф (біти) за кінцеві зазори, вирівняні за залишками шаблону (def=0.00)

Псевдоліч (ПК) опції:
-pcm {0,..,2}
залежність від позиції домішки ПК 'tau' (режим комп'ютера, за замовчуванням=2) 0: немає псевдопідрахунку:
tau = 0 1: константа tau = a 2: залежить від різноманітності: tau = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: кількість ефективних послідовностей у локальному MSA навколо стовпця i)

-pca [0,1] загальна домішка псевдорахунку (def=1.0)

-друкована плата [1,inf[ Порогове значення Neff для -pcm 2 (def=1.5)

- PCC [0,3] показник екстинкції c для -pcm 2 (def=1.0)

-pre_pca [0,1]
Псевдолічильна домішка PREFILTER (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ ПЕРЕДФІЛЬТР ПОРТІГ для Neff (def=1.8)

Контекстний псевдорахунки:
-nocontxt
використовувати матрицю підстановки замість контекстно-специфічних псевдолічильників

-contxt контекстний файл для обчислення контекстно-специфічних псевдолічильників
(за замовчуванням=./data/context_data.lib)

-cslib
файл стану стовпця для швидкої попередньої фільтрації бази даних (за замовчуванням=./data/cs219.lib)

Спрогнозувати вторинну структуру

-додає додайте другу структуру, передбачену за допомогою PSIPRED, щоб отримати результат MSA

-псипред каталог із виконуваними файлами PSIPRED (за замовчуванням=)

-psipred_data
каталог з даними PSIPRED (за замовчуванням=)

Інше опції:
-v
докладний режим: 0: немає виводу на екран 1: тільки попередження 2: докладний (def=2)

-neffmax ]1,20] пропускати подальші ітерації пошуку, коли різноманітність Neff запиту MSA

стає більше, ніж neffmax (за замовчуванням=10.0)

-ЦП
кількість ЦП для використання (для SMP спільної пам'яті) (за замовчуванням=2)

- бали записати оцінки для всіх парних порівнянь у файл

-атаб записати всі вирівнювання у вигляді таблиці у файл

-maxres
максимальна кількість стовпців HMM (def=15002)

-максмем [1,inf[ максимальна доступна пам'ять у ГБ (def=3.0)

ПРИКЛАДИ

hhblits -i query.fas -o query.hhr -d ./uniprot20

hhblits -i query.fas -o query.hhr -oa3m query.a3m -n 1 -d ./uniprot20

Завантажити бази даних зftp://toolkit.genzentrum.lmu.de/pub/HH-suite/databases/>.

Використовуйте hhblits онлайн за допомогою служб onworks.net