metastudent - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

metastudent - предиктор термінів генної онтології з білкової послідовності

СИНТАКСИС

метастудент -я FASTA_FILE -o RESULT_FILE_PREFIX [--debug] [--keep-temp] [--silent]
[--output-blast] [--blast-only] [--all-predictions] [--ontologies=MTF or БПО or CCO or
МФО, БПО or ...] [--with-images] [--blast-kickstart-databases=BLAST_RESULT_FILE(S)]
[--temp-dir=DIR] [--config=CONFIG_FILE] !!! Переконайтеся, що ваш файл fasta містить не більше 500
послідовності!!!

ОПИС

Metastudent прогнозує терміни генної онтології (GO) з онтології молекулярної функції (MFO),
Онтологія біологічних процесів (BPO) та онтологія клітинних компонентів (CCO) для вхідного білка
послідовності шляхом висновку на основі гомології з уже анотованих білків.

Завантажуються великі (всього 1 Гб) файли даних, необхідні для роботи metastudent
автоматично при першому використанні програми. Завантаження можна перезапустити. Ви також можете
зробити явний дзвінок до
метастудентські дані (за замовчуванням /usr/bin/metastudentdata), щоб завантажити файли даних.
Якщо каталог даних (за замовчуванням /usr/share/metastudent-data) недоступний для запису та
ви не root, операція є
повторна спроба с Суду(8).

Вихід формат
Для кожної обраної онтології (див --онтології), створюється один вихідний файл (див -o). Кожен
рядок у кожному файлі пов’язує білок з терміном GO і надійністю для
асоціація (від 0.0 до 1.0). Використовується такий формат:
ID>

Посилання

Хемп Т., Каснер Р., Сімайєр С., Віцедо Е., Шефер К., Ахтен Д., ... і Рост Б.
(2013). Висновок на основі гомології встановлює високу планку для передбачення функції білка. BMC
Біоінформатика, 14 (додаток 3), S7.

ВАРІАНТИ

-i FASTA_FILE
Вхідний файл fasta. Будь ласка, спробуйте видалити будь-які спеціальні форматування (наприклад, пробіли)
у послідовностях, перш ніж використовувати їх як вхідні дані. Через високий рівень використання пам’яті переконайтеся, що ваш
Файл fasta містить не більше 500 послідовностей.

-o RESULT_FILE_PREFIX
Префікс імені файлу вихідних файлів. Терміни GO організовані в онтології.
Metatstudent розглядає кожну онтологію по-різному і виводить один файл результатів для кожної.
Наприклад, якщо =./myresult і MFO (Онтологія молекулярної функції) і BPO
(Онтологія біологічного процесу) вибираються онтології (див. опцію --онтології), потім
metastudent створює два вихідні файли: ./myresult.MFO.txt та ./myresult.BPO.txt.

--відлагоджувати
Друк додаткових повідомлень про налагодження.

--підтримуйте температуру
Чи зберігати тимчасові каталоги після завершення роботи metastudent (вони можуть бути
корисно, коли виникають помилки або в поєднанні з --blast-kickstart-бази даних).

-- мовчазний
Жодних повідомлень про прогрес (stdout), лише помилки (stderr).

--вихід-вибух
Виводити результат виконання BLAST. Корисно в поєднанні з
--blast-kickstart-бази даних. Формат назви вихідного файлу
RESULT_FILE_PREFIX. .вибух.

--тільки для вибуху
Виводити лише результат виконання BLAST і нічого більше. Перегляньте варіанти
--вихід-вибух та --blast-kickstart-бази даних.

--усі передбачення
Чи потрібно виводити результати передбачення окремих провісників. Ім'я файлу
Формат вихідного файлу . . .txt.

--без назв
Чи виключати фактичні назви термінів GO як стовпець у вихідному передбаченні
файл (и).

--з-зображеннями
Чи також створювати зображення, яке відображатиме прогнозовані терміни GO як графік GO.
Цю опцію можна використовувати тільки з однією вхідною послідовністю і тільки при підключенні
до Інтернету.

--онтології=MTF or БПО or CCO or МФО, БПО or ...
Список онтологій, розділених комами, для створення передбачень. За замовчуванням є
MFO, BPO, CCO. Якщо використовувати в поєднанні з --blast-kickstart-бази даних, число і
порядок онтологій повинен відповідати файлам кікстарту.

--blast-kickstart-databases=
Оскільки запуск BLAST зазвичай займає найдовше в metastudent, це
Опція дозволяє повторно використовувати вихідні дані попереднього запуску. Це корисно перевірити, для
наприклад, різні параметри або коли ви втратили прогноз. Кількість
файли kickstart повинні відповідати кількості онтологій (див. параметр --онтології).
Розділіть шляхи до файлів комами. Наприклад:
--blast-kickstart-databases= , (кікстарт для обох
онтології) або --blast-kickstart-databases=, (тільки кикстарт BPO;
зверніть увагу на кому).

--temp-dir=DIR
Батьківський тимчасовий каталог, який потрібно використовувати замість того, який вказано в tmpDir у файлі
файл конфігурації metastudent.

--config=ФАЙЛ
Шлях до спеціального файлу конфігурації metastudent; замінює всі налаштування
конфігураційні файли, знайдені в розділі FILES цієї сторінки керівництва.

Використовуйте metastudent онлайн за допомогою служб onworks.net