Це команда micro_razers, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн- емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
micro_razers
СИНТАКСИС
micro_razers [ПАРАЦІЇ]
ОПИС
MicroRazerS використовує стратегію відображення на основі префіксів для відображення можливого зчитування малих РНК
містить 3' адаптерну послідовність.
(c) Авторські права 2009, Енн-Катрін Емде.
-h, --допомога
Відображає це повідомлення довідки.
-- версія
Показати інформацію про версію
Основні параметри::
-o, - вихід Фото
Змінити назву вихідного файлу. За замовчуванням: .результат.
-рр, -- швидкість розпізнавання NUM
встановіть відсоток розпізнавання в діапазоні [80..100]. За замовчуванням: 100.
-sL, -- довжина насіння NUM
довжина насіння В діапазоні [10..inf]. За замовчуванням: 16.
-sE, --seed-помилка
допускати одну помилку в насінні
-f, --вперед
карта читається лише для прямих пасм.
-r, --зворотний
карта читається лише для перевернення пасмів.
-mN, --матч-N
"N" збігається з усіма іншими символами
-m, --max-хітів NUM
вивести лише NUM найкращих хітів У діапазоні [1..inf]. За замовчуванням: 100.
-па, --чистка-неоднозначно
purge читає з більш ніж максимальним числом кращих збігів
-лм, -- низький рівень пам'яті
зменшити використання пам'яті за рахунок часу виконання
-v, -багатослівний
багатослівний режим
-вв, --vverbose
дуже багатослівний режим
Параметри вихідного формату:
-оф, --формат виведення NUM
Встановити вихідний формат. 0 = формат MicroRazerS, 1 = SAM. У діапазоні [0..1].
-a, --вирівнювання
скинути вирівнювання для кожного матчу
-гн, --іменування геному NUM
Виберіть, як називаються геноми. 0 = використовувати ідентифікатор Fasta, 1 = перераховувати, починаючи з 1. In
діапазон [0..1]. За замовчуванням: 0.
-рн, --читання-найменування NUM
Виберіть, як називаються читання. 0 = використовувати ідентифікатор Fasta, 1 = перераховувати, починаючи з 1. In
діапазон [0..1]. За замовчуванням: 0.
-так, --Порядок сортування NUM
Виберіть спосіб сортування збігів. 0 = число прочитання, 1 = позиція геному. В діапазоні
[0..1]. За замовчуванням: 0.
-пф, --формат позиції NUM
Виберіть нумерацію початкової/кінцевої позиції (див. розділ Координати нижче). 0 = простір проміжків,
1 = місце розташування. У діапазоні [0..1]. За замовчуванням: 0.
Версія
micro_razers версія: 1.0.1 Останнє оновлення липень 2009
Використовуйте micro_razers онлайн за допомогою служб onworks.net