Це команда mipe2dbSTS, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн- емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
mipe2dbSTS.pl - генерує вхідний файл для подання в dbSTS
включено до виходу: розділ STS подання dbSTS
на основі MIPE версії 1.1
аргументи: * mipe_file
* файл конфігурації
* (необов'язково) список ідентифікаторів ПЛР
Конфігураційний файл складається з рядків, що містять ключ і значення, розділені знаком рівності ('=').
Ключ складається з назви в нижньому регістрі файлу подання NCBI (див. веб-сайт dbSTS), а потім
символ підкреслення та назва поля в нижньому регістрі в цьому файлі.
У файлі конфігурації повинні бути визначені такі поля:
pub_title=
pub_authors=
ім'я_джерела=
джерело_організму=
cont_name=
cont_fax=
cont_tel=
cont_email=
cont_lab=
cont_inst=
cont_addr=
ім'я_протоколу=
протокол_протокол=
buffer_name=
buffer_buffer=
sts_pcr_profile=
Для protocol_protocol, buffer_buffer і sts_pcr_profile необхідно більше рядків (див. приклад).
Приклад файлу конфігурації виглядає так:
pub_title=Генетичне картування SNP курей
pub_authors=Aerts,JA; Венендаал, Т.; Crooijmans, RPMA; Гренен, МАМ
source_name=Геномна ДНК курки
source_organism=Gallus gallus
cont_name=Ян Артс
cont_fax=+31 317 483929
cont_tel=+31 317 483397
cont_email=jan.aerts@wur.nl
cont_lab=Група з розведення та геноміки тварин
cont_inst=Вагенінгенський університет
cont_addr=PO Box 338, 6700 AH Вагенінген, Нідерланди
protocol_name=Протокол_Aerts
protocol_protocol=Шаблон: 30-60 нг
protocol_protocol=Праймер: кожні 4 мкМ
protocol_protocol=dNTP: кожні 200 мкМ
protocol_protocol=Taq: 0.3 одиниці
protocol_protocol=Обсяг: 12 ul
buffer_name=Buffer_Aerts
buffer_buffer=MgCl2: 1.5 мМ
buffer_buffer=(NH4)2SO4: 20 мМ
buffer_buffer=Трис-HCl: 75 мМ
buffer_buffer=Tween 20: 0.01% (мас./об.)
buffer_buffer=pH: 8.8
Використовуйте mipe2dbSTS онлайн за допомогою служб onworks.net