Це команда proteinortho5, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
proteinortho5 - інструмент виявлення ортології
СИНТАКСИС
білокорто5 [ВАРІАНТИ] FASTA1 FASTA2 [ФАСТА...]
ОПИС
Proteinortho — це окремий інструмент, який орієнтований на великі набори даних і використовує його
розподілених обчислювальних методів при запуску на багатоядерному обладнанні. Він реалізує a
розширена версія евристики взаємного найкращого вирівнювання. Протеінорто було застосовано до
обчислити ортологічні білки в повному наборі всіх 717 доступних геномів еубактерій
в NCBI на початку 2009 року. Авторам вдалося ідентифікувати тридцять білків, присутніх у
99% усіх бактеріальних протеомів.
ВАРІАНТИ
-e= E-value для вибуху [за замовчуванням: 1e-05]
-p= програма вибуху {blastn|blastp|blastn+|blastp+} [за замовчуванням: blastp+]
-проект=
префікс для всіх імен файлів результатів [за замовчуванням: myproject]
-синтені
активувати розширення PoFF, щоб розділити подібні послідовності за контекстною суміжністю
(потрібен .gff для кожного .fasta)
-dups= PoFF: кількість повторень для евристичної суміжності, щоб визначити дубльовані
регіони (за замовчуванням: 0)
-cs= PoFF: розмір максимального загального підрядка (MCS) для суміжних збігів (за замовчуванням: 3)
-альфа=
PoFF: вага суміжності проти подібності послідовності (за замовчуванням: 0.5)
-десц записати файли опису (лише для введення NCBI FASTA)
- тримати зберігає тимчасові результати вибуху для повторного використання
- сила сил перерахунку результатів вибуху в будь-якому випадку
-cpus= кількість процесорів для використання [за замовчуванням: автоматично]
- самовибух
застосовувати самобласт, виявляє паралоги без ортологів
- неодружені
повідомляють про одиночні гени без будь-якого звернення
-ідентичність=
хв. відсоток кращих ударів [за замовчуванням: 25]
-cov= хв. охоплення найкращих вирівнювань у відсотках [за замовчуванням: 50]
-conn= хв. алгебраїчна зв'язність [за замовчуванням: 0.1]
-sim= хв. подібність для додаткових звернень (0..1) [за замовчуванням: 0.95]
-крок= 1 -> генерувати індекси 2 -> запускати вибух (і ff-adj, якщо -синтені встановлено) 3 ->
кластеризація 0 -> все (за замовчуванням)
-blastpath=
шлях до вашого локального вибуху (якщо не встановлено глобально)
-вербозний
тримає вас в курсі прогресу
-чистий видалити всі непотрібні файли після обробки
-граф генерувати файли .graph (парні ортологічні відносини)
-відлагоджувати надає детальну інформацію для відстеження помилок
Більш конкретні параметри вибуху можна визначити за допомогою
-blastParameters="[параметри]" (наприклад -blastParameters='-seg no')
Якщо завдання потрібно розподілити на кілька машин, використовуйте
-startat= Номер файлу для початку (за замовчуванням: 0)
-стопат= Номер файлу, яким закінчується (за замовчуванням: -1)
Використовуйте proteinortho5 онлайн за допомогою служб onworks.net