Це команда rate4site, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
rate4site - детектор консервативних амінокислотних сайтів
СИНТАКСИС
rate4site [OPTIONS] -s
ОПИС
Швидкість еволюції серед амінокислотних сайтів не є постійною: деякі позиції розвиваються повільно
і зазвичай називаються «консервованими», тоді як інші швидко розвиваються і називаються
як "змінна". Зміни швидкості відповідають різним рівням очищення
селекції, що діють на цих сайтах. Очищуючий виділення може бути результатом геометричного
обмеження щодо згортання білка в його тривимірну структуру, обмеження щодо амінокислот
сайти, залучені до ферментативної активності або зв'язування ліганду або, альтернативно, в амінокислотах
сайти, які беруть участь у білково-білкових взаємодіях. Rate4Site обчислює відносну
швидкість еволюції на кожній ділянці з використанням імовірнісної еволюційної моделі. Це дозволяє
беручи до уваги стохастичний процес, що лежить в основі еволюції послідовності всередині білка
сімейства та філогенетичне дерево білків родини. Оцінка збереження
на сайті відповідає швидкості еволюції сайту.
МЕТОДОЛОГІЯ
Єдиним обов’язковим введенням для Rate4Site є файл MSA. Потім програма обчислює a
філогенетичне дерево, яке узгоджується з доступним MSA (користувач також може ввести a
попередньо розраховане дерево). Потім він обчислює відносну оцінку збереження для кожної ділянки
MSA. Для цього використовують або емпіричний байєсівський метод, або максимум
метод ймовірності (Пупко та ін., 2002). Відмінності між двома методами є
детально роз’яснено в Mayrose et al (2004).
Посилання
Mayrose, I., Graur, D., Ben-Tal, N., and Pupko, T. 2004. Порівняння специфічних для сайту
методи висновку: байєсівські методи кращі. Mol Biol Evol 21: 1781-1791.
ВАРІАНТИ
-s MSA_FILE
Ім'я файлу вхідної послідовності. Підтримуються такі формати: Mase, Molphy,
Філіп, Кластал, Фаста
-t Ім'я файлу дерева введення (у форматі Newick)
-o OUTPUT_FILE
Вихідний файл результатів
-a Довідкова назва послідовності в MSA. Оцінки збереження друкуються на основі
амінокислоти в цій послідовності.
-k Кількість дискретних категорій Gamma
-m Еволюційна модель. Підтримуються такі моделі амінокислот:
ДЕНЬ (-md), JTT (-mj), REV (-mr), aaJC (-ma), LG (-Ml), WAG (-Mw) .
Для нуклеотидів підтримуються такі моделі: JC (-mn), HKY (-Mh), Tamura92 (-Mt), GTR (-Mg).
-b Прапор оптимізації довжини гілок:
-bn = немає оптимізації довжини гілок
-bh = оптимізація з використанням однорідної моделі (без варіації ставок між сайтами)
-bg = оптимізація з використанням гамма-моделі
-i Прапор методу виведення оцінки:
-Im = ставки визначаються за допомогою методу максимальної правдоподібності
-Ib = показники визначаються за допомогою емпіричного методу Байєса
-z Метод побудови дерева
zj = Дерево з'єднання сусідів з відстанями Джукса-Кантора
zn = Дерево з'єднання сусідів з максимальною ймовірністю відстаней
-h Коротке довідкове повідомлення
Використовуйте rate4site онлайн за допомогою служб onworks.net