Це команда tcodee, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
tcode - Визначте регіони, що кодують білок, використовуючи статистику Fickett TESTCODE
СИНТАКСИС
tcode - послідовність seqall -файл даних файл даних -вікно ціле - крок ціле - сюжет переключитися
- вихідний файл звітом -граф ксиграф
tcode -допомога
ОПИС
tcode — це програма командного рядка від EMBOSS («Європейське відкрите програмне забезпечення для молекулярної біології
Люкс»). Це частина командної групи (груп) «Нуклеїк:Пошук генів».
ВАРІАНТИ
вхід розділ
- послідовність seqall
-файл даних файл даних
Файлом даних за замовчуванням є Etcode.dat і містить ймовірності кодування для кожної бази.
Імовірності стосуються як позиційної, так і композиційної інформації. За замовчуванням
значення: Etcode.dat
Вимагається розділ
-вікно ціле
Це кількість нуклеотидних основ, щодо яких буде статистика TESTCODE
виконується кожного разу. Потім вікно буде ковзати по послідовності, охоплюючи те саме
кількість баз кожного разу. Значення за замовчуванням: 200
Розширені налаштування розділ
- крок ціле
Вибране вікно за замовчуванням буде ковзати по нуклеотидній послідовності на три
баз за раз, зберігаючи кадр (хоча алгоритм не чутливий до кадрів).
Це можна змінити, щоб збільшити або зменшити приріст слайда. Значення за замовчуванням:
3
Вихід розділ
- сюжет переключитися
Під час вибору графік послідовності (вісь X), побудований проти оцінки кодування (Y
ось) відобразиться. Послідовність над зеленою лінією є кодуванням, а під червоною
рядок не кодується. Значення за замовчуванням: N
- вихідний файл звітом
-граф ксиграф
Використовуйте tcodee онлайн за допомогою служб onworks.net