This is the Linux app named clusterProfiler whose latest release can be downloaded as clusterProfilersourcecode.tar.gz. It can be run online in the free hosting provider OnWorks for workstations.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою clusterProfiler з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
СКРЕНИ:
кластерний профіліст
ОПИС:
clusterProfiler — це пакет R/Bioconductor, який забезпечує уніфікований робочий процес для аналізу функціонального збагачення для інтерпретації результатів високопродуктивної оміки. Він підтримує як аналіз надмірного представлення, так і аналіз збагачення наборів генів, що дозволяє працювати з неранжованими списками генів або ранжованою статистикою з диференціальних конвеєрів. Пакет підключається до кількох баз знань, таких як Gene Ontology, KEGG, Reactome, Disease Ontology, MeSH та інші, через узгоджений інтерфейс, що дозволяє запитувати різні біологічні лінзи без переписування коду. Він розроблений для широкого охоплення кодуючих і некодуючих ознак і тисяч організмів, використовуючи постійно оновлювані анотації. Результати повертаються в акуратних, зручних для маніпулювання структурах і природно поєднуються з багатими функціями візуалізації (за допомогою супутніх інструментів) для узагальнення шляхів, термінів та взаємозв'язків між генами та наборами.
Функції
- Уніфіковані робочі процеси ORA та GSEA для кількох джерел анотацій
- Широка підтримка видів з використанням актуальних анотацій генів
- Акуратні виходи, які чітко інтегруються з наступними конвеєрами даних R
- Вбудована візуалізація результатів збагачення за допомогою супутніх інструментів побудови графіків
- Утиліти порівняння кількох груп (наприклад, compareCluster) для перехресного аналізу умов
- Детальні віньєтки та посібники для відтворюваних, комплексних досліджень збагачення
Мова програмування
R
Категорії
Цю програму також можна завантажити з https://sourceforge.net/projects/clusterprofiler.mirror/. Вона розміщена в OnWorks для найпростішого запуску онлайн з однієї з наших безкоштовних операційних систем.