Це програма для Linux під назвою PTESFinder, останню версію якої можна завантажити як ptesfinder_v1.tar.gz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою PTESFinder з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
PTESFinder
ОПИС:
PTESFinder — це обчислювальний конвеєр для ідентифікації подій перемішування екзонів після транскрипції з високопродуктивних даних RNAseq. PTESFinder використовує потужність усталених інструментів RNASeq і систематично виключає всі відомі класи хибнопозитивних структур, застосовуючи суворі фільтри, розроблені спеціально для цілей цих помилкових спрацьовувань. PTESFinder порівнює якості вирівнювання зіставлення читань із передбачуваними структурами PTES з якостями тих самих читань, коли вони зіставлені з геномними регіонами та канонічно зрощеними транскриптами. Такий підхід підвищує впевненість у підтримці PTES зчитування. Зчитування, що виходять із подій перемикання шаблонів, часто характеризуються великими інделями, якщо вони вирівняні з транскриптомом. PTESFinder використовує додаткові фільтри, щоб виключити зчитування з неоднозначним вирівнюванням навколо з’єднань екзон-екзон PTES, ще більше підвищуючи впевненість у цих допоміжних зчитуваннях. PTESFinder визначає більше структур PTES, ніж інші опубліковані методи, зберігаючи при цьому високу специфічність.
Аудиторія
Наука/Дослідження
Користувацький інтерфейс
Командний рядок
Мова програмування
Оболонка Unix, Java
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/ptesfinder-v1/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.