Це програма для Linux під назвою QUASR, останню версію якої можна завантажити як QUASR_v6.08.tar. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою QUASR з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
СКРЕНИ:
КВАЗР
ОПИС:
QUASR — це легкий конвеєр, написаний для обробки та аналізу даних секвенування нового покоління (NGS) з платформ Illumina, 454 та Ion Torrent. Хоча спочатку він був написаний для вірусних даних, він досить загальний, щоб працювати з будь-яким набором даних NGS. Функції включають:
видалення дублікатів
демультиплексування
праймер-видалення
графіки забезпечення якості (QA).
контроль якості (QC)
консенсус-генерація
міноритарно-варіантне визначення
міноритарно-варіантний графік
Основна поточна версія — 6.X, написана на Python3. 7.X – це моє перезапис на Java, але все ще триває робота. Обидва написані так, щоб вони були максимально легкими, щоб вони могли працювати з мінімальними вимогами до пам’яті на настільному комп’ютері чи ноутбуці, а також на комп’ютерному кластері.
Якщо у вас виникли проблеми з QUASR, зв’яжіться зі мною за адресою електронної пошти, зазначеною в README.
Аудиторія
Наука/Дослідження
Користувацький інтерфейс
Командний рядок
Мова програмування
Python
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/quasr/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.