alie_hunter - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

alie_hunter - Mô típ thứ tự biến được nội suy để xác định chiều ngang
DNA có được

SYNOPSIS

người ngoài hành tinh [Các lựa chọn]

MÔ TẢ

Alien_hunter là một ứng dụng để dự đoán Chuyển gen theo chiều ngang giả định
(HGT) các sự kiện với việc triển khai Mô hình thứ tự biến số nội suy (IVOM). Một
Phương pháp tiếp cận IVOM khai thác các thành kiến ​​về thành phần bằng cách sử dụng các phân phối mô típ thứ tự thay đổi và
nắm bắt được thành phần cục bộ của một trình tự đáng tin cậy hơn so với thứ tự cố định
các phương pháp. Theo tùy chọn, các dự đoán có thể được phân tích cú pháp thành một thứ tự 2 trạng thái thứ 2 Hidden Markov
Mô hình (HMM), trong khuôn khổ phát hiện điểm thay đổi, để tối ưu hóa bản địa hóa của
ranh giới của các vùng dự đoán. Các dự đoán (định dạng embl) có thể được tự động
được tải vào trình xem bộ gen Artemis có sẵn miễn phí tại:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

ĐẦU VÀO: trình tự bộ gen thô NGHIÊN CỨU: Các vùng HGT dựa trên Thứ tự biến nội suy
Đối số Motifs (IVOM):


trình tự gen thô


tên tệp cho dữ liệu đầu ra

Các đối số tùy chọn:

-a để tải tệp dự đoán vào Artemis

-c tối ưu hóa các ranh giới dự đoán với phát hiện điểm thay đổi 2 trạng thái HMM bậc 2

Tệp đầu ra:


dự đoán (tệp tab) ở định dạng embl

.opt
dự đoán được tối ưu hóa (HMM) (tệp tab) ở định dạng nhúng

.âm mưu
dự đoán ở định dạng Lô người dùng Artemis được tải theo cách thủ công bằng Biểu đồ -> Thêm
Lô người dùng ...

.opt.plot
dự đoán được tối ưu hóa (HMM) ở định dạng Lô người dùng Artemis để được tải theo cách thủ công bằng cách sử dụng
Biểu đồ -> Thêm Lô người dùng ...

.sco
điểm trên tất cả các cửa sổ trượt - để kiểm tra phân phối điểm

Lưu ý: Các dự đoán trùng lặp với operon rRNA được đề cập trong bộ định lượng ghi chú

Sử dụng alie_hunter trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net